第一種方式唆貌，當然是R自帶的函數(shù)直接安裝包了，這個是最簡單的垢乙，而且不需要考慮各種包之間的依賴關(guān)系锨咙。
對普通的R包，直接install.packages()即可追逮，一般下載不了都是包的名字打錯了酪刀，或者是R的版本不夠，如果下載了安裝不了钮孵，一般是依賴包沒弄好骂倘，或者你的電腦缺少一些庫文件，如果實在是找不到或者下載慢巴席，一般就用repos=來切換一些鏡像历涝。
install.packages("ape") ##直接輸入包名字即可
對于bioconductor的包，我們一般是
source("http://bioconductor.org/biocLite.R") ##安裝BiocInstaller
options(BioC_mirror=”http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/“) 如果需要切換鏡像
biocLite("ggbio")
或者直接BiocInstaller::biocLite('ggbio') ## 前提是你已經(jīng)安裝好了BiocInstaller
某些時候你還需要卸載remove.packages("BiocInstaller") 然后安裝新的
如果是3.5和以上的版本漾唉，需要使用BiocManager
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("KEGG.db",ask=F,update=F)
備注：起初是下載R包無法聯(lián)網(wǎng)荧库，所以失敗，根據(jù)我們的經(jīng)驗當然是options(download.file.method = ‘libcurl’)就輕輕松松解決啦
第二種方式赵刑，是直接找到包的下載地址分衫，需要進入包的主頁
packageurl <- "http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggplot2/ggplot2_0.9.1.tar.gz"
packageurl <- "http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/gridExtra/gridExtra_0.9.1.tar.gz"
install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")
這樣安裝的就不需要選擇鏡像了，也跨越了安裝器的版本般此！
第三種方式蚪战，先把包下載到本地，然后安裝：
download.file("http://bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/BiocInstaller_1.20.1.tar.gz","BiocInstaller_1.20.1.tar.gz")
也可以選擇用瀏覽器下載這個包
install.packages("BiocInstaller_1.20.1.tar.gz", repos = NULL)
如果你用的RStudio這樣的IDE铐懊，那么直接用鼠標就可以操作了
或者用choose.files()來手動交互的選擇你把下載的源碼BiocInstaller_1.20.1.tar.gz放到了哪里邀桑。
這種形式大部分安裝都無法成功，因為R包之間的依賴性很強
第四種方式科乎，命令行版本安裝
如果是linux版本概漱，命令行從網(wǎng)上自動下載包如下：
sudo su - -c
"R -e "install.packages('shiny', repos='https://cran.rstudio.com/')""
如果是linux，命令行安裝本地包喜喂，在shell的終端
sudo R CMD INSTALL package.tar.gz
window或者mac平臺一般不推薦命令行格式瓤摧，可視化那么舒心，何必自討苦吃
第五種方式玉吁，
進入https://anaconda.org/
搜索R包照弥。例如repitools
拖動到最下面，有下載命令
conda install -c bioconda bioconductor-repitools
conda install -c bioconda/label/gcc7 bioconductor-repitools
conda install -c bioconda/label/cf201901 bioconductor-repitools
詳見：http://www.reibang.com/p/a5e572bc5da5
