• Linux 系統(tǒng)環(huán)境

• 變量

Linux 系統(tǒng)環(huán)境

文件系統(tǒng)結(jié)構(gòu)

? 文件系統(tǒng)結(jié)構(gòu)：一切皆文件（軟件，命令吗氏，文本或是文件夾）

生信技能樹小郭老師的課件圖-文件系統(tǒng)結(jié)構(gòu)

普通用戶一般不會(huì)操作以下的文件夾倔韭，即使是管理員一般也很少操作以下的文件夾虑润。普通用戶一般只在自己的家目錄操作弥臼，認(rèn)清自己的家目錄（Jan22）就可以:

/ 虛擬目錄的根目錄绿渣。通常不會(huì)在這里存儲(chǔ)文件
/bin 二進(jìn)制目錄朝群，存放許多用戶級(jí)的GNU工具
/boot 啟動(dòng)目錄，存放啟動(dòng)文件
/dev 設(shè)備目錄中符，Linux在這里創(chuàng)建設(shè)備節(jié)點(diǎn)
/etc 系統(tǒng)配置文件目錄
/home 主目錄潜圃，Linux在這里創(chuàng)建用戶目錄
/lib 庫目錄，存放系統(tǒng)和應(yīng)用程序的庫文件
/media 媒體目錄舟茶，可移動(dòng)媒體設(shè)備的常用掛載點(diǎn)
/root root用戶的主目錄
/sbin 系統(tǒng)二進(jìn)制目錄谭期，存放許多GNU管理員級(jí)工具
/run 運(yùn)行目錄，存放系統(tǒng)運(yùn)作時(shí)的運(yùn)行時(shí)數(shù)據(jù)
/tmp 臨時(shí)目錄吧凉，可以在該目錄中創(chuàng)建和刪除臨時(shí)工作文件
/usr 用戶二進(jìn)制目錄隧出，大量用戶級(jí)的GNU工具和數(shù)據(jù)文件都存儲(chǔ)在這里

Linux系統(tǒng)

一般有4個(gè)主要部分：內(nèi)核、shell阀捅、文件系統(tǒng)和應(yīng)用程序胀瞪。
內(nèi)核、shell和文件系統(tǒng)一起形成了基本的操作系統(tǒng)結(jié)構(gòu)饲鄙，它們使得用戶可以運(yùn)行程序凄诞、管理文件并使用系統(tǒng)。
? 內(nèi)核是操作系統(tǒng)的核心忍级，具有很多最基本功能帆谍，它負(fù)責(zé)管理系統(tǒng)的進(jìn)程、內(nèi)存轴咱、設(shè)備驅(qū)動(dòng)程序汛蝙、文件和網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)，決定著系統(tǒng)的性能和穩(wěn)定性朴肺。
shell是一種應(yīng)用程序窖剑，為用戶提供操作界面，是用戶與內(nèi)核進(jìn)行交互操作的接口戈稿。
shell也是一門編程語言（腳本編程）

生信技能樹小郭老師的課件圖-Linux系統(tǒng)

查看系統(tǒng)資源

查看CPU信息：lscpu
查看內(nèi)存信息：free -h
查看硬盤信息：df -h
查看文件大小：du -h -d 1查看文件大形魍痢：du -h -d 1
查看系統(tǒng)進(jìn)程：top（htop）或者 ps -ef 或者 jobs

du -h miniconda3
##查看miniconda3有多大，遞歸性去查鞍盗，把地層的文件都給羅列出來
du -h -d 1 miniconda3
##列出一層需了，1是數(shù)字的1，不是L的小寫
du -sh
##也可以直接查看

##查看系統(tǒng)進(jìn)程
top
##打開一個(gè)窗口橡疼，顯示正在運(yùn)行的程序援所，類似windows的任務(wù)管理器
##按q退出
 htop
##顯示更美觀
##按q退出
 ps -ef 
 ##把服務(wù)器上所有正在運(yùn)行的命令，程序都展示出來
 
ps -ef | grep Jan22
##一般只關(guān)心自己運(yùn)行的程序

用top命令查看系統(tǒng)進(jìn)程

top命令查看實(shí)時(shí)進(jìn)程

htop命令顯示更美觀

htop命令直觀展示

ps -ef命令

ps -ef展示所有正在運(yùn)行的程序

查看自己運(yùn)行的程序

ps -ef | grep Jan22

查看自己的運(yùn)行程序

一般只要登錄服務(wù)器欣除，系統(tǒng)會(huì)自動(dòng)幫我們運(yùn)行一些程序住拭。

補(bǔ)充知識(shí)

掛載物理硬盤

mount /dev/sda /trainee/Jan22
##掛載在上，原來的文件就不見了
##馬哥linux課程，教怎么管理服務(wù)器滔岳，linux基礎(chǔ)與shell腳本編程杠娱，鳥哥linux編程（臺(tái)灣人）
#至少學(xué)半年以上才可以管理Linux

（初學(xué)者不適合去管理服務(wù)器，管理服務(wù)器要學(xué)習(xí)對(duì)應(yīng)的管理方法谱煤。）

變量

Linux的變量有：環(huán)境變量摊求，位置參數(shù)變量、狀態(tài)變量刘离、自定義變量室叉。

環(huán)境變量、狀態(tài)變量硫惕、位置參數(shù)變量茧痕、自定義變量，在調(diào)用變量時(shí)恼除，要在變量前面加一個(gè) $符號(hào)

環(huán)境變量：用于存儲(chǔ)有關(guān)shell會(huì)話和工作環(huán)境的系統(tǒng)變量（如$PATH）;

狀態(tài)變量：用于記錄命令的運(yùn)行結(jié)果（如果正確運(yùn)行踪旷，狀態(tài)變量為0，如果運(yùn)行錯(cuò)誤豁辉，狀態(tài)變量為非零）;

位置參數(shù)變量：用于用于向命令或程序腳本中傳遞信息（傳參）;

自定義變量：由用戶自行定義的變量令野，可用于用戶編寫的腳本，多個(gè)命令間的值傳遞等徽级。

自定義變量

由用戶自行定義的變量气破，可用于用戶編寫的腳本，多個(gè)命令間的值傳遞等灰追，用等于號(hào)=來賦值（注：= 前后不要有空格）堵幽。在Linux里面，空格是一個(gè)字符弹澎，有無空格是天壤之別。

a=gene
a
##linux不識(shí)別a這個(gè)變量努咐，linux格式：命令 [參數(shù)] 文件

變量前后有無$區(qū)別

echo打印變量前有無$的區(qū)別

echo 'This is a $a'
##This is a $a
echo "This is a $a"
#This is a gene
#單引號(hào)：變量不會(huì)被解釋
#雙引號(hào)：變量被解釋

單雙引號(hào)的區(qū)別

單雙引號(hào)的區(qū)別

單引號(hào)：變量不會(huì)被解釋
雙引號(hào)：變量被解釋

在用sed苦蒿，awk的時(shí)候，script的部分都用單引號(hào)渗稍。

環(huán)境變量

用于存儲(chǔ)有關(guān)shell會(huì)話和工作環(huán)境的系統(tǒng)變量佩迟。

• 常見環(huán)境變量：

$HOME：當(dāng)前用戶的主目錄；

$PATH：shell查找命令的目錄列表竿屹，由冒號(hào)（:）分隔报强。(最主要的環(huán)境變量，它保存的信息是幾個(gè)路徑拱燃，路徑里面的工具是隨時(shí)隨地可以調(diào)用秉溉，安裝軟件要涉及到PATH變量)；

$SHELL：bash shell的全路徑名；

$LOGNAME：當(dāng)前用戶的登錄名召嘶；

$PS1：shell命令行界面的主提示符父晶；

$PS2：shell命令行界面的次提示符。

echo：①打印字符串②打印變量的值弄跌，變量調(diào)用要加$

echo $HOME
##記錄每個(gè)人的家目錄
echo $PS1
##命令行配色
source ~/.bashrc
##激活~/.bashrc

需要注意的是~/.bashrc和PATH的關(guān)系甲喝，PATH與變量之間的關(guān)系。

~/.bashrc：系統(tǒng)配置文件铛只，包含專用于你的bash shell 的bash信息埠胖、設(shè)置，每次登錄或打開新的shell 時(shí)淳玩，該文件會(huì)被自動(dòng)讀取和執(zhí)行押袍。

$PATH：輸入命令時(shí)Linux會(huì)去查找PATH里面記錄的路徑，如果命令存在某一個(gè)路徑中凯肋，就可以成功調(diào)用谊惭。

狀態(tài)變量

用于存儲(chǔ)有關(guān)shell會(huì)話和工作環(huán)境的系統(tǒng)變量

#####$?非常重要
ls
echo $?
##ls執(zhí)行成功返回0

$?的用法

不成功的例子

sodjfa
##隨便輸如的命令（或是輸入錯(cuò)的命令）
echo $?
#127
##上一句命令不成功，$?就會(huì)出現(xiàn)非零的參數(shù)宽闲，

$符號(hào)演示

位置參數(shù)變量

用于向命令或程序腳本中傳遞信息众眨。

$n非常重要

說明

以上內(nèi)容是聽生信技能樹小郭老師授課內(nèi)容以及參考課件。