pip安裝PyVCF后有問題:ImportError: cannot import name 'Reader' from 'parser'

問題

Python通過pip安裝PyVCF成功,但運行腳本時出現(xiàn)問題:

File "/home/theo/anaconda3/lib/python3.9/site-packages/vcftoolz/vcftoolz.py", line 19, in <module>
    import vcf
  File "/home/theo/anaconda3/lib/python3.9/site-packages/vcf/__init__.py", line 166, in <module>
    from parser import Reader, Writer
ImportError: cannot import name 'Reader' from 'parser' (/home/theo/anaconda3/lib/python3.9/lib-dynload/parser.cpython-39-x86_64-linux-gnu.so)

解決

使用conda重新安裝:

conda install --channel "conda-forge" pyvcf

Ref:https://github.com/CFSAN-Biostatistics/vcftoolz/issues/9

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者
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