《腫瘤信息學(xué)》筆記

我是一個(gè)很容易被名字迷惑的人陶冷,僅憑名字就會(huì)愛上一個(gè)人伴逸。

聽說這本書是因?yàn)榭戳?a href="http://www.reibang.com/p/8cd08d00648d" target="_blank">豆豆看書記之腫瘤信息學(xué)(一)侨歉,這樣的書名攻锰,是夠吊胃口的了:既有腫瘤又有信息。關(guān)注腫瘤是近幾年的事熟吏,羅素說:

有三種情感距糖,單純而強(qiáng)烈,支配著我的一生:對(duì)愛情的渴望牵寺,對(duì)知識(shí)的追求悍引,以及對(duì)人類苦難不可遏制的同情。這些感情如陣陣巨風(fēng)帽氓,挾卷著我在漂泊不定的路途中東飄西蕩趣斤,飛越苦悶的汪洋大海,直抵絕望的邊緣杏节。

我不能像豆豆那樣寫的那么細(xì)唬渗,那么理智典阵,這里僅談一些感性的認(rèn)識(shí)。

在我固有的觀念里癌癥多少有種上帝丟骰子的感覺:是基因隨機(jī)突變的結(jié)果镊逝。這是被本書作者第一個(gè)掰彎的觀念壮啊。作者從組織學(xué)層面而非細(xì)胞學(xué)層面告訴我們:基因的突變不是因而是果,有某種比基因突變更深層的原因撑蒜。

正如前言所講:

既然癌癥是由某種壓力而起的歹啼,那么我們不禁要問:

  • 壓力來自哪里
  • 壓力如何導(dǎo)致癌變

也就是癌癥的驅(qū)動(dòng)模型,在書中第五章座菠,作者在討論了結(jié)直腸癌的基于APC基因突變的驅(qū)動(dòng)模型和Warburg理論的能量代謝改變是癌癥的驅(qū)動(dòng)力模型之后狸眼,提出了自己的驅(qū)動(dòng)模型:細(xì)胞增殖是一種逃生方式。

  • 是微環(huán)境的壓力浴滴,而不是突變拓萌,導(dǎo)致了底層細(xì)胞的進(jìn)化,并且在不同的發(fā)育階段可能存在不同的壓力升略。
  • 細(xì)胞增殖是細(xì)胞減輕這些壓力的一種可行的并持續(xù)的方式
  • 選擇特定的突變可能取決于特定的進(jìn)化需求微王,即需求上調(diào)或者抑制某些特殊的功能。

這個(gè)觀點(diǎn)讓人眼前一亮:細(xì)胞的增殖是為了緩解生存壓力品嚣。

就像愛情要有荷爾蒙的實(shí)體作為載體一樣炕倘,壓力這個(gè)概念性的名詞也需要一個(gè)化學(xué)物質(zhì)來寄托:透明質(zhì)酸。

透明質(zhì)酸是構(gòu)成人體細(xì)胞間質(zhì)翰撑、眼玻璃體罩旋、關(guān)節(jié)滑液等結(jié)締組織的主要成分,在體內(nèi)發(fā)揮保水眶诈、維持細(xì)胞外空間涨醋、調(diào)節(jié)滲透壓、潤滑册养、促進(jìn)細(xì)胞修復(fù)的重要生理功能东帅。透明質(zhì)酸作為細(xì)胞間基質(zhì)的主要成分,直接參與細(xì)胞內(nèi)外電解質(zhì)交流的調(diào)控球拦,發(fā)揮物理和分子信息的過濾器作用靠闭。

在文中,作者給足了透明質(zhì)酸篇幅坎炼,特別強(qiáng)調(diào)了其在癌癥發(fā)生早期的重要作用愧膀。

當(dāng)癌癥開始轉(zhuǎn)移,它已經(jīng)進(jìn)化成了另一個(gè)物種谣光,其生存邏輯不同于原發(fā)癌檩淋。增殖以緩解壓力,但是增殖本身也會(huì)帶來壓力,如何緩解增殖帶來的壓力呢蟀悦?沒有比轉(zhuǎn)移更好的理由了媚朦。那么,癌細(xì)胞如何轉(zhuǎn)移日戈,轉(zhuǎn)移之后又如何询张,它將如何適應(yīng)新的環(huán)境?當(dāng)細(xì)胞轉(zhuǎn)移的時(shí)候浙炼,轉(zhuǎn)移的是什么份氧?

我們知道生物體的細(xì)胞不是游離在體內(nèi)的,而是有組織地組織成能行駛特定功能的組織弯屈。所以一個(gè)細(xì)胞要逃逸蜗帜,也需要一個(gè)基本的條件:初始速度。

當(dāng)癌細(xì)胞開始轉(zhuǎn)移的時(shí)候资厉,它已經(jīng)帶著或多或少地帶著癌細(xì)胞的烙印了:


  • 癌細(xì)胞可以刺激自我生長厅缺。
  • 癌細(xì)胞可以使腫瘤抑制基因失效,無視令其停止生長的命令酌住。
  • 癌細(xì)胞拒絕對(duì)自己執(zhí)行細(xì)胞凋亡程序
  • 癌癥細(xì)胞卻可以無限分裂
  • 癌癥細(xì)胞可以刺激新血管的生成(血管生成作用)來支持腫瘤的生長店归。
  • 癌細(xì)胞可以脫離原本所在的位置或器官,侵犯周圍組織或向身體遠(yuǎn)處擴(kuò)散(轉(zhuǎn)移)酪我。
  • 癌細(xì)胞可以利用異常的代謝途徑來產(chǎn)生能量。
  • 癌細(xì)胞可以通過隱藏或利用“檢查點(diǎn)”逃避免疫系統(tǒng)中T細(xì)胞的攻擊且叁。

一旦一個(gè)癌細(xì)胞離開原發(fā)癌的位置都哭,它所面臨微環(huán)境(及其壓力)都變了:原來的壓力沒有了,甚至它的所到之處還要營造那種壓力逞带。

要把隱秘的角落變成它的宜居之地欺矫,它必然也要迎來第二次的轉(zhuǎn)化。


全書的最后兩章落腳在:

  • 搜尋人類體液中的癌癥標(biāo)志物
  • 在公共數(shù)據(jù)基礎(chǔ)上利用計(jì)算手段研究癌癥

其實(shí)書中本不乏用公共數(shù)據(jù)來做論據(jù)的例子展氓,也舉例一些算法在癌癥分類分期穆趴,數(shù)據(jù)挖掘上的應(yīng)用。只有數(shù)據(jù)就像只有磚頭而沒有建筑師的泥瓦匠一樣遇汞,也是蓋不起來巴黎圣母院的未妹。但是只有圖紙而沒有磚塊,不過是紙上談兵空入。

所以络它,要一邊搬磚,一邊惦記著詩和遠(yuǎn)方以及人類的苦難歪赢。

及其壓力化戳。

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