Wang, C., Sun, D., Huang, X. et al. Integrative analyses of single-cell transcriptome and regulome using MAESTRO. Genome Biol 21, 198 (2020). https://doi.org/10.1186/s13059-020-02116-x
隨著單細(xì)胞技術(shù)的發(fā)展棘劣，在同一個細(xì)胞內(nèi)同時測量多種模態(tài)數(shù)據(jù)逐漸成為可能更卒。我們知道在Seurat V4 提供了基于WNN的scRNA與scATAC的整合分析方法红省，其核心是兩種模態(tài)數(shù)據(jù)會在高維空間有一定的相似性，整合之后可以用來識別不同細(xì)胞類型和狀態(tài)的調(diào)節(jié)因子。
MAESTRO提供預(yù)處理肥败、比對骤视、質(zhì)量控制、定量和染色質(zhì)可及性量化初肉、聚類、差異分析和注釋等功能饰躲。通過在單細(xì)胞水平上從染色質(zhì)可及性解釋基因調(diào)控潛力牙咏，MAESTRO在整合scRNA-seq和scATAC-seq之間的細(xì)胞簇方面優(yōu)于現(xiàn)有的方法。此外嘹裂，MAESTRO支持使用預(yù)定義的細(xì)胞類型標(biāo)記基因進(jìn)行自動細(xì)胞類型注釋妄壶，并從不同的scRNA-seq基因和scATAC-seq峰中識別驅(qū)動調(diào)節(jié)因子。
為了整合來自scRNA-seq和scATAC-seq的細(xì)胞寄狼，MAESTRO首先計算每個細(xì)胞中每個基因的調(diào)控潛力丁寄，從而測量基因附近的scATAC-seq reads量，以基因TSS讀取距離的指數(shù)衰減為加權(quán)泊愧。然后伊磺，MAESTRO執(zhí)行典型相關(guān)分析(CCA)，CCA捕獲兩個數(shù)據(jù)集之間的共同方差删咱，并將其投影到相同的低維空間中屑埋，本質(zhì)上是將兩個數(shù)據(jù)平臺視為來自同一平臺的兩批數(shù)據(jù)。一對細(xì)胞痰滋，一個來自scRNA-seq摘能，另一個來自scATAC-seq，可以在降維后使用相互最近鄰進(jìn)行錨定敲街。然后团搞，MAESTRO使用錨定的細(xì)胞對將細(xì)胞類型標(biāo)簽從scRNA-seq轉(zhuǎn)移到scATAC-seq《嗤В可以在整合后大致保留原有的聚類結(jié)構(gòu)逻恐，允許在scRNA-seq和scATAC-seq聚類之間匹配細(xì)胞類型標(biāo)簽。
MAESTRO和Seurat在思想上還是有些相似的。
