fastq轉(zhuǎn)化為fasta
一般應(yīng)該是由fastq轉(zhuǎn)化為fasta(給出四種):
1 linux下直接： sed -n '1~4s/^@/>/p;2~4p' in.fastq > out.fasta
2 perl: perl -ne 'y/@/>/;print($_.<>)&&<>&&<>' your_file.fastq > output_file.fasta
3 seqtk包下載（bioconda）骤菠，再用： seqtk seq -A input_file.fastq > output_file.fasta
4 在線網(wǎng)址： https://test.galaxyproject.org/
fasta改為fastq
fasta文件缺失信息疤孕，假設(shè)quality score of 40商乎。
Perl將fasta改為fastq
下載程序
wget https://storage.googleapis.com/google-code-archive-downloads/v2/code.google.com/fasta-to-fastq/fasta_to_fastq.pl
使用
perl fasta_to_fastq.pl reads.fasta > my_converted_fasta.fq
參考來自：
https://www.researchgate.net/post/How_can_I_convert_FASTQ_to_FASTA_format
