寫在前面
很多人都知道“建樹”，NJ樹绩鸣，最大似然樹 - ML，貝葉斯法建樹~ 建樹的目的常常有兩個(gè)：
- 分類
- 推斷演化順序
- 其他 - 如分析基因家族擴(kuò)張收縮等
很多人都會用 mega 來建樹纱兑，因?yàn)樗浅７奖阊轿牛瑢?dǎo)入序列，點(diǎn)擊多序列比對潜慎，然后就建樹（mega默認(rèn)在建樹前可以選擇按有效位點(diǎn)比例剪切）捡多。事實(shí)上，中間還缺一個(gè)關(guān)鍵步驟铐炫，我相信很多不接觸演化的朋友完全不知道垒手。那就是“篩選合適的氨基酸替換模型”。IQ-tree的橫空出世驳遵，解決了這一問題淫奔。軟件的流行，不僅僅在于其快慢堤结，還在于其方便程度唆迁。
當(dāng)然，要做最方便竞穷，那么最好是唐责，多序列比對 和 比對結(jié)果修剪 都直接自動化起來。對于專門做演化瘾带，尤其是質(zhì)體基因組的朋友鼠哥，如果需要界面化工具，那么我一般推薦的是老鐵張東開發(fā)的“Phylosuite”看政。當(dāng)然朴恳，如果是 TBtools 用戶，又想偷個(gè)懶允蚣，快速畫個(gè)進(jìn)化樹看看于颖，那么可以用今天推出的最新功能“One Step Build a ML Tree”。
一鍵構(gòu)建進(jìn)化樹
一直以來嚷兔，我不太想寫這個(gè)功能森渐，一者是覺得沒必要，二者是懶得動冒晰。但前段時(shí)間在演示 TBtools 的使用時(shí)同衣，我發(fā)現(xiàn)絕大多數(shù)人，其實(shí)跟我一樣壶运，能偷懶的地方也像偷懶耐齐。我們還是不夠勤奮，無妨蒋情。有限的時(shí)間埠况，還是要用在點(diǎn)上才好，于是我開放了早就寫好的一鍵建樹功能恕出，大體如下：
- 輸入蛋白序列（無需比對）
- 輸出文件路徑
- 點(diǎn)擊開始
- 等待即可
期間询枚，該功能會調(diào)用 Muscl 進(jìn)行多序列比對，使用 trimAI 修剪比對結(jié)果浙巫，最后調(diào)用 IQ-tree 自動篩選氨基酸替換模型金蜀，然后建一個(gè)ML樹。完成了的畴，就輸出進(jìn)化樹文本渊抄，并彈窗一個(gè)進(jìn)化樹，可以快速分析丧裁。
使用示例
打開 TBtools护桦，先喝一碗主界面的雞湯，然后選擇到功能
總之煎娇，打開界面之后二庵，幾乎只需要做兩個(gè)事情贪染，把蛋白序列放進(jìn)去，然后設(shè)置輸出文件催享，點(diǎn)擊 Start 即可杭隙。
如果設(shè)置直接文本輸出，那么結(jié)果如下
建樹完成會自動彈出一個(gè)繪制好的進(jìn)化樹
寫在最后
Emmm因妙，簡單的工具痰憎，其實(shí)不需要說明書。
