powermarker
Liu, K. and S.V. Muse, PowerMarker: an integrated analysis environment for genetic marker analysis. Bioinformatics, 2005. 21(9): p. 2128-2129.
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如果遇到|
Registered JIT Debugger is not available的問(wèn)題，嘗試卸載已有 .NET Framework 并選擇安裝新的 .NET Framework，安裝.NET Framework是確保當(dāng)前電腦時(shí)間為當(dāng)前時(shí)間屹篓。關(guān)于.NET Framework的版本可選擇1.1梯找。打開(kāi)下載的powermarker安裝軟件，要是提示沒(méi)有安裝.NET Framework砖顷，會(huì)讓你選擇是否跳轉(zhuǎn)到當(dāng)前需要的.NET Framework版本網(wǎng)頁(yè)，安裝.NET Framework后再安裝 powermarker, powermarker的使用需要更改電腦時(shí)間為以前 如2011年。
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軟件已許久沒(méi)有更新奋救，使用時(shí)需要更改電腦時(shí)間，才可以使用
案例
跟著案例操作反惕，順利得到個(gè)體聚類(lèi)結(jié)果尝艘，看來(lái)還是得學(xué)一下ggtree
本次使用主要 是用來(lái)計(jì)算PIC 及建樹(shù)
以下內(nèi)容記錄自手冊(cè)
Chapter 2: Tutorial
2.1 Creating a project
分析前需要先建立project
2.2: Importing a dataset
（1）導(dǎo)入數(shù)據(jù)，從文件或剪切板姿染，需要選擇表頭中名稱(chēng)的類(lèi)型背亥，即樣本名 種群名與loci 是屬于不同類(lèi)型標(biāo)簽，樣本和種群名屬于 categorical type, loci屬于
Marker type, 接著指定數(shù)據(jù)文件中缺失數(shù)據(jù)悬赏，比如確實(shí)等位基因?yàn)? 狡汉， 就在填寫(xiě)Missing allele 后填寫(xiě)0， 軟件會(huì)將0識(shí)別為缺失數(shù)據(jù)闽颇。
導(dǎo)入powermarker的文本格式的格式如下盾戴，第一列，第二列為樣本id及種群名稱(chēng)兵多，需要在軟件內(nèi)選擇第一列第二列屬于什么內(nèi)容尖啡。
（2）對(duì)導(dǎo)入的數(shù)據(jù)進(jìn)行一定的編輯
需要選擇數(shù)據(jù)中的表頭類(lèi)型，選擇數(shù)據(jù)中sample. pop 為categorical類(lèi)型中鼠，點(diǎn)擊column下的表頭然后點(diǎn)擊下方的藍(lán)色類(lèi)型（Marker等）即可修改數(shù)據(jù)中表頭類(lèi)型可婶。
（3） 其他參數(shù)
數(shù)據(jù)導(dǎo)入成功后就可以進(jìn)行分析
2.3: Choosing a subset from the dataset
可計(jì)算Missing proportion，并根據(jù)值篩選子集
2.4: Producing a table of summary statistics
,CERVUS軟件也可以計(jì)算PIC, Powermarker 也可計(jì)算 如下其他參數(shù)
點(diǎn)擊Analysis-Summary Statistics-General中選擇需要計(jì)算的原始數(shù)據(jù)铣猩，即可得到包括PIC等參數(shù)的表格揖铜。
發(fā)現(xiàn) Genalex與Powermarker的相同參數(shù)結(jié)果相同，Genalex中的Ho是 Powermarker 中的Heterozygosity达皿， Genalex中的He 是Powermarker 中的GeneDiversity
2.4 做聚類(lèi)
首先是對(duì)數(shù)據(jù)計(jì)算頻率天吓，然后計(jì)算距離，然后建樹(shù)峦椰，如下圖
（1）計(jì)算頻率龄寞，可選擇Lever，就是之后對(duì)群體或樣本進(jìn)行聚類(lèi)汤功。并選擇數(shù)據(jù)物邑，點(diǎn)擊summit
(2) 計(jì)算距離，需選擇Methods, 并選擇數(shù)據(jù)滔金，點(diǎn)擊summit!
(3)選擇建樹(shù)方法色解，并選擇數(shù)據(jù)，點(diǎn)擊summit
（4) Bootstrap
結(jié)果是一個(gè)tree list, 用 Phylip,可得到consensus tree
“”The output is a list of trees that can be summarized to obtain a consensus
tree by the program “consensus” in Phylip package (Felsenstein 1993).“”
