甲基化測序 （WGBS/RRBS/TBS）的去重（de-duplication）問題

關(guān)于測序數(shù)據(jù)去重問題網(wǎng)上有很多大神的分析，我就不濫竽充數(shù)了，我挑取了幾篇比較好的文章:

第二代測序原理的詳細(xì)解析！
高通量測序之duplicated reads
試論NGS數(shù)據(jù)的Duplication問題
如何去除二代測序數(shù)據(jù)中的PCR duplication才科學(xué)旦事？

對于甲基化測序來說，主要根據(jù)建庫的不同來看是否需要去重：

  • 全基因組甲基化測序（WGBS）：跟普通測序一樣急灭，需要去重
  • 簡并代表性甲基化測序（RRBS）：由于酶切位點(diǎn)是固定姐浮，自然會產(chǎn)生較多的重復(fù)片段，因此不需去重
  • 靶向甲基化測序（TBS）：屬于擴(kuò)增子測序葬馋，因?yàn)槠螏缀醵际怯赡告湐U(kuò)增出來的卖鲤，同一區(qū)域會擴(kuò)增出來許多相同的擴(kuò)增子，只要控制PCR過程不產(chǎn)生較大的bias就沒有問題畴嘶，因此也不必去重蛋逾。
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