最近在做關(guān)于磁共振圖像的項目沈贝，發(fā)現(xiàn)一個價值很大的數(shù)據(jù)集-fastMRI杠人，這個數(shù)據(jù)集的特點在于提供了k-space數(shù)據(jù)。

一宋下、fastMRI項目基本介紹

FastMRI是Facebook AI Research (FAIR) 和 NYU Langone Health 之間的合作研究項目嗡善。目的是研究使用 AI 使 MRI 掃描速度提高 10 倍。

通過從采樣不足的數(shù)據(jù)中生成準確的圖像学歧，AI 圖像重建有可能改善患者的體驗并使更多人可以使用 MRI罩引。

二、fastMRI數(shù)據(jù)集介紹

fastMRI數(shù)據(jù)集包括兩種類型的MRI：膝蓋磁共振圖像（knee MRIs）和腦部磁共振圖像（brain MRIs）撩满。數(shù)據(jù)集包括訓(xùn)練數(shù)據(jù)蜒程、驗證數(shù)據(jù)以及masked測試數(shù)據(jù)集绅你。

2.1 多線圈軌道類型：

1.??{knee,brain}_multicoil_train.tar.gz:多線圈軌道類型的訓(xùn)練數(shù)據(jù)集，數(shù)據(jù)保存成HDF5類型昭躺，包括：

? ? - Kspace：多線圈軌道類型的kspace數(shù)據(jù)忌锯，kspace張量的尺寸為(number of slices, number ofcoils, height, width).

? ? - reconstruction_rss:多線圈kspace數(shù)據(jù)重建的平方根reconstruction_rss尺寸為(number of slices,r_height, r_width)。對于knee數(shù)據(jù)领炫，圖像高度和寬度都被裁剪成320*320.

2.???{knee,brain}_multicoil_val.tar.gz:對于多線圈軌道類型的驗證數(shù)據(jù)集偶垮，可以使用該數(shù)據(jù)集來選擇模型的超參數(shù)或者對訓(xùn)練數(shù)據(jù)進行增廣。HDF5文件和{knee,brain}_multicoil_train.tar.gz相同帝洪；

3.??{knee,brain}_multicoil_test.tar.gz:對于多線圈軌道數(shù)據(jù)第一階段的測試數(shù)據(jù)集似舵，HDF5文件包括以下兩種tensor

? ?- Kspace：下采樣的多線圈類型的Kspace數(shù)據(jù)，kspace張量的尺寸為(number of slices, number ofcoils, height, width).

? ?- Mask：對于kspace數(shù)據(jù)進行欠采樣的笛卡爾數(shù)據(jù)葱峡，mask張量元素個數(shù)與kspace的寬度相同砚哗。

4.?knee_multicoil_challenge.tar.gz:對于多線圈類型挑戰(zhàn)的測試數(shù)據(jù)集。HDF5文件與multicoil_test.tar.gz相同砰奕。

2.2 單線圈軌道類型（僅針對knee數(shù)據(jù)）：

1.??knee_singlecoil_train.tar.gz: 單線圈軌道類型的訓(xùn)練數(shù)據(jù)集蛛芥，數(shù)據(jù)保存成HDF5類型，包括：

? ? -?Kspace：模擬單線圈的kspace數(shù)據(jù)军援，kspace張量的尺寸為(number of slices, height,width).

? ? -?reconstruction_rss:單線圈kspace的重建平方和仅淑，被裁剪到中心320*320區(qū)域來模擬單線圈kspace，重建張量的尺寸為(number of slices, 320, 320)胸哥。

? ? -?reconstruction_esc: 裁剪到中心 320x320 區(qū)域的單線圈 k 空間數(shù)據(jù)的逆傅立葉變換涯竟。 重建張量的形狀是 (number of slices, 320, 320)。

2.???knee_singlecoil_val.tar.gz: 單線圈軌道類型的驗證數(shù)據(jù)集空厌，可以使用該數(shù)據(jù)集來選擇模型的超參數(shù)或者對訓(xùn)練數(shù)據(jù)進行增廣庐船。HDF5文件和knee_singlecoil_train.tar.gz相同；

3.??knee_singlecoil_test.tar.gz: 單線圈軌道類型的測試數(shù)據(jù)集蝇庭，HDF5文件包括以下兩種tensor

? ? - Kspace：下采樣的單線圈類型的Kspace數(shù)據(jù)醉鳖，kspace張量的尺寸為(number of slices, height,width).

? ? - Mask：對于kspace數(shù)據(jù)進行欠采樣的笛卡爾數(shù)據(jù)，mask張量元素個數(shù)與kspace的寬度相同哮内。

4.?knee_singlecoil_challenge.tar.gz: 單線圈類型挑戰(zhàn)的測試數(shù)據(jù)集盗棵。HDF5文件與singlecoil_test.tar.gz相同。

以上內(nèi)容來自于原網(wǎng)站fastmri

三北发、數(shù)據(jù)展示

3.1?knee_singlecoil_challenge數(shù)據(jù)

加載所需要的包

展示數(shù)據(jù)信息

1）查看k-space數(shù)據(jù)

k-space數(shù)據(jù)展示出來中間有個亮點纹因，其他部分都是黑色的。

這是下采樣后的MRI圖像

2）查看mask數(shù)據(jù)

mask數(shù)據(jù)是二值數(shù)據(jù)琳拨，只有0或1

3）查看mask與k-space之間的關(guān)系

我一開始不知道k-space數(shù)據(jù)是采樣后的數(shù)據(jù)還是全數(shù)據(jù)瞭恰，所以將一個k-space進行mask操作，然后和原圖像對比狱庇，發(fā)現(xiàn)經(jīng)過mask操作后的數(shù)據(jù)和原數(shù)據(jù)相同惊畏，則表明數(shù)據(jù)中的k-space數(shù)據(jù)就是采樣后的數(shù)據(jù)恶耽。

以上部分代碼來自于博客https://www.cxyzjd.com/article/xuru_0927/114780311