linux下conda的下載、安裝以及使用

今天安裝了conda匀归,走了好多彎路心情極度暴躁(之前都是直接用的別人下的軟件坑资,但因?yàn)檫@次要下軟件的他們沒下過,又聽說用conda很方便穆端,所以就想學(xué)習(xí)通過conda下一個(gè))

下載背景:其實(shí)集群里我的.bashrc文件里已經(jīng)有一個(gè)conda路徑了(應(yīng)該師兄下的):which conda是能找到的袱贮,但是不知道為啥用那個(gè)conda進(jìn)行 conda install ...的時(shí)候總是報(bào)錯(cuò),就干脆自己下一個(gè)了体啰,也是學(xué)習(xí)的過程攒巍,這里下的是miniconda3

第一步:

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

(下載網(wǎng)址是:https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html嗽仪,網(wǎng)址最下面有Linux installers,選擇Miniconda3 Linux 64-bit柒莉,再右鍵復(fù)制鏈接地址闻坚,這個(gè)鏈接地址就是https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh了)


第二步:

下載好sh文件后,運(yùn)行: bash?Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

運(yùn)行過程中的問題選擇yes就行兢孝。關(guān)于運(yùn)行過程中出現(xiàn)的一個(gè)要不要初始化的問題鲤氢,有看到網(wǎng)上有人說選擇no比較好,以免與已有的軟件不兼容西潘,這里可以自己選擇,因?yàn)槲也惶宄谒蹋贿^不管選擇yes還是no好像都能完成安裝喷市。(我選擇的是yes)

這里下載后應(yīng)該是默認(rèn)安裝在home目錄下: ~/your_name/miniconda3

第三步:

環(huán)境變量的配置(聽同學(xué)說,她下載好后威恼,.bashrc文件里直接有關(guān)于conda的內(nèi)容了品姓,但是可能是因?yàn)槲业沫h(huán)境變量里本來就有conda了(下載背景里提到的),所以我這里..反正是沒有自動(dòng)出現(xiàn)在我的.bashrc文件里箫措,于是在自己下載了miniconda后腹备,又自己手動(dòng)再配置了一遍——把原來的全部注釋掉,地址換成自己的地址)斤蔓。.

①vim ~/.bashrc? #編輯.bashrc 文件

②bashrc文件里關(guān)于conda的部分如下:

# <<< conda initialize <<

__conda_setup="$('/conda安裝的地址/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"

if [ $? -eq 0 ]; then

? eval "$__conda_setup"

else

? if [ -f "/conda安裝的地址/etc/profile.d/conda.sh" ]; then

? ? . "/conda安裝的地址/etc/profile.d/conda.sh"

? else

? ? export PATH="conda安裝的地址/bin:$PATH"

? fi

fi

unset __conda_setup?

# <<< conda initialize <<

第四步:

source ~/.bashrc

第五步:

利用conda下載軟件:conda install -c bioconda 軟件名 ? (雖然下的是miniconda3植酥,但是命令里用的還是conda哦)

也可以通過如下方式獲得安裝命令(圖片上傳失敗了嚶嚶嚶):在https://anaconda.org/ 里搜索你要下載的軟件名——點(diǎn)擊你要下載的那一個(gè)軟件(搜索后會(huì)出來不同版本、名字相近的軟件)——點(diǎn)擊進(jìn)入后弦牡,下拉頁面友驮,會(huì)有用conda下載該軟件可用的命令,如conda install -c bioconda samtools 和?conda install -c bioconda/label/cf201901 samtools

到這里conda就安裝好并且可以利用conda來下載軟件了驾锰,遇到的問題:

1卸留、原本在集群的節(jié)點(diǎn)1下載安裝的,總是報(bào)錯(cuò)椭豫,后來換了節(jié)點(diǎn)2就可以了(同學(xué)說是節(jié)點(diǎn)2才聯(lián)網(wǎng)耻瑟,這里我還真不太清楚,關(guān)于不同的節(jié)點(diǎn)赏酥,可能還要再學(xué)習(xí)下到底是什么意思喳整,之前只是死板的用ssh跳轉(zhuǎn)就完事了)

2、最開始按照的網(wǎng)上的下載教程今缚,安裝完conda好算柳、利用conda下載別的軟件前,還要?jiǎng)?chuàng)建虛擬環(huán)境姓言,但是我在這個(gè)過程中瘋狂報(bào)錯(cuò):CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url 瞬项。參考了網(wǎng)上很多的解決方法:

① https://blog.csdn.net/Copper01/article/details/97134974?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-BlogCommendFromMachineLearnPai2-1.baidujs&dist_request_id=1328707.489.16166807356501553&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-BlogCommendFromMachineLearnPai2-1.baidujs (解決Anaconda出現(xiàn)CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url問題)

② https://blog.csdn.net/qq_29861217/article/details/94051055(關(guān)于使用anaconda出現(xiàn)CondaHTTPError問題的解決)

③http://www.reibang.com/p/429a9a1c3613 (miniconda安裝軟件流程)

為了解決報(bào)錯(cuò)蔗蹋,我采取了包括加入清華鏡像源、刪除 ~/.condarc文件中的defult一行囱淋、把.condarc文件中的https改成http等等猪杭,都沒能解決報(bào)錯(cuò)。

問同學(xué)他們之前是怎么操作的妥衣,說是根本沒有創(chuàng)建conda環(huán)境皂吮,于是我把我的 .condarc 文件清空、再conda deactivate 退出(表現(xiàn)為命令行前段不顯示(base))税手、然后直接conda install -c bioconda 軟件名蜂筹,就成功了(這里要是在上述的節(jié)點(diǎn)2下載軟件才行)。這是為什么我還是不明白芦倒,如果有大神能幫忙解答疑惑艺挪,非常感謝!

3兵扬、關(guān)于conda的激活和添加鏡像麻裳,上面鏈接③里講的挺詳細(xì)的(雖然我沒用到,但是基于我在這上面瘋狂報(bào)錯(cuò)還浪費(fèi)了不少時(shí)間器钟,還是把相關(guān)知識點(diǎn)記錄一下吧)津坑,簡而言之:

1)conda激活:source ~/miniconda3/bin/activate? (或者conda activate)

2)conda添加國內(nèi)鏡像:conda config --add channels 網(wǎng)址(詳見上方鏈接,我也不知道這個(gè)網(wǎng)址哪里來的傲霸,清華鏡像源)疆瑰,使用了conda config命令后,會(huì)自動(dòng)在home目錄下生成.condarc文件昙啄,里面會(huì)有我們添加的鏡像信息

3)創(chuàng)建虛擬環(huán)境:conda create -n name1 python=3.8?

或者conda create --name name1 python=3.8

(python版本應(yīng)該是可以通過 conda list 命令查看乃摹,網(wǎng)上看到說不用python= 也行,說是不寫就是用默認(rèn)安裝的python跟衅;name1是你為創(chuàng)建的虛擬環(huán)境起的一個(gè)名)

4)進(jìn)入環(huán)境:source activate name1?

5)可以利用conda下載軟件了


僅以此文孵睬,記錄下今天的conda下載~

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