介紹
先來介紹下兩位主角：
Pycharm：目前一款主流的 Python 集成開發(fā)環(huán)境生宛，它帶有一整套幫助我們在Python開發(fā)時提高效率的工具澄成，比如調(diào)試党觅、語法高亮谅海、Project管理、代碼跳轉(zhuǎn)嫁乘、智能提示昆婿、自動完成、單元測試亦渗、版本控制挖诸。
總的來說，Pycharm 會極大地提高我們 Python 開發(fā)的效率和體驗法精，用過都說好多律。
Anaconda：主要針對 Python 的數(shù)據(jù)科學(xué)整合包搂蜓，包括有 Numpy狼荞，Pandas，Sklearn等帮碰。重要的是相味，自帶管理軟件 conda，它擁有安裝殉挽，更新丰涉，刪除，解決包依賴關(guān)系的包管理功能斯碌。同時一死，conda擁有環(huán)境管理功能，能創(chuàng)建獨立運行環(huán)境傻唾， 使各項目間包環(huán)境和版本互不沖突和影響投慈。另外，Conda 還可以管理包括 Bowtie2冠骄，F(xiàn)astQC 等軟件環(huán)境伪煤，甚至 R 包環(huán)境。
總之凛辣，Anaconda 就是我們在編程時的管家抱既，一切麻煩事扔給他，我們只要關(guān)注項目本身就行扁誓。
安裝 Pycharm
1.網(wǎng)址：https://www.jetbrains.com/pycharm/download/#section=windows
- Professional：收費蝙砌，專業(yè)版會提供擴(kuò)展阳堕，比如遠(yuǎn)程調(diào)試跋理，插件支持择克，版本控制等
- Community：免費，會包含常用的基礎(chǔ)功能
這里選擇專業(yè)版為例前普，可以先試用30天肚邢。有的學(xué)校會購買，可以咨詢下學(xué)校圖書館或計算機(jī)學(xué)院拭卿。也可以去官網(wǎng)購買骡湖，當(dāng)然網(wǎng)上有許多方法可以獲得，自行搜索峻厚。
2.開始安裝
3.選擇安裝位置响蕴，Next
如果有固態(tài)硬盤，可以把 Pycharm 放進(jìn)去惠桃，這樣會極大的減少項目構(gòu)建索引浦夷，載入導(dǎo)入時間。
4.可以根據(jù)需要來選擇配置辜王，建議全選
5.安裝
6.安裝完成后劈狐，點擊剛剛在桌面上的快捷方式
7.同意協(xié)議
8.數(shù)據(jù)是否分享，根據(jù)情況來看
9.選擇主題呐馆，我這里選擇淺色
10.根據(jù)需要安裝插件
- IdeaVim：vim是Linux系統(tǒng)常用的編輯器肥缔，如果之前已經(jīng)習(xí)慣用vim，可以安裝
- R：統(tǒng)計學(xué)編程語言汹来，因為學(xué)習(xí)生物信息的原因续膳，這里選擇安裝
- AWS Tookit：是亞馬遜云服務(wù)的擴(kuò)增
11.激活
因為這里安裝的是專業(yè)版，可以先選擇試用收班。點擊Evaluate
安裝 Anaconda
1.根據(jù)系統(tǒng)選擇合適的安裝包坟岔，這里建議選擇 Python 3.7 版本下載
https://www.anaconda.com/products/individual#Downloads
2.安裝
2.同意協(xié)議
3.Next
4.選擇安裝路徑
這里路徑最后放在非系統(tǒng)盤，后續(xù)anaconda的操作會占用硬盤空間
我平時會為每種語言建立獨立的安裝目錄闺阱，工作目錄炮车。這樣的好處是在版本更新，和項目依賴關(guān)系清晰酣溃，后續(xù)更新也方便瘦穆。
4.開始安裝
5.Next
6.Next
7.安裝完成
新建包含 Anaconda 的項目
1.第一次進(jìn)入Pycharm，先新建項目赊豌，進(jìn)入配置界面
2.配置 Python 解釋器
為了方便管理扛或，這里 Location 配置項目存放目錄，該目錄與 Anaconda 在同一目錄下碘饼。當(dāng)然熙兔，不按照這樣的目錄結(jié)構(gòu)也可以悲伶。
3.切換到 Conda Environment ，找到我們剛剛安裝 Anaconda 的目錄并設(shè)置住涉，同時勾選為所有項目應(yīng)用該配置
4.配置完成后麸锉，解釋器被 Pycharm 識別，點擊創(chuàng)建
5.第一次創(chuàng)建項目舆声，Pycharm 有初始化工作要做花沉，耐心等待即可
Anaconda 環(huán)境的使用示例
0.工作區(qū)介紹
1.右鍵項目名，新建 Python 腳本
2.輸入名字媳握，注意這里不需要添加 .py后綴碱屁，回車后創(chuàng)建
3.編寫腳本
import pandas as pd
import numpy as np
dates = pd.date_range('20200501', periods=6)
df = pd.DataFrame(np.random.randn(6,4), index=dates, columns=list('ABCD'))
4.右鍵腳本名，運行蛾找，測試配置是否成功
5.運行這個腳本娩脾，會自動激活Scientific Mode，界面就像這樣：
在左下輸入df.head()打毛，可以直接在控制臺查看數(shù)據(jù)框內(nèi)容柿赊，也可以在右邊點擊查看。
Conda 環(huán)境的使用示例
有了 Anaconda 的支持隘冲，為什么還要 Conda 環(huán)境闹瞧？
前面新建的 Anaconda 環(huán)境包含各種數(shù)據(jù)分析，機(jī)器學(xué)習(xí)等包展辞，可以直接拿來用奥邮，并不需要再安裝一遍，方便實用罗珍。
但是洽腺，有時候，我們并不需要這么多的包覆旱，而是需要特定版本的 Python 或者 Python 包蘸朋，或是依賴沖突等問題，這就要求有一個獨立運行的環(huán)境扣唱。而 Conda 建立的環(huán)境正好滿足了這個需求藕坯。
1.新建包含有 Conda 環(huán)境的項目
2.查看啟用的環(huán)境
點擊 Pycharm 下面的 Termianl 可以直接控制 Windows 的 CMD 命令行（這里不得不吐槽微軟的 CMD 和 PowerShell 界面丑還超難用）。如果你的 Pycharm 運行在 Linux 下噪沙，這個工具會接管 Shell炼彪。
可以看到在最前面多了一個 (example) ，這個代表激活的 conda 環(huán)境
3.查看 conda 環(huán)境里有哪些包
輸入命令 conda list正歼，可以查看我們建立的環(huán)境里包含哪些包辐马。
學(xué)習(xí)更多 conda 的包管理，環(huán)境管理和渠道管理等技巧可以參考：https://blog.csdn.net/u011262253/article/details/88828229
可以看到局义，相對 Anaconda 整合了數(shù)以百記的包不同喜爷，這里只有幾個最基礎(chǔ)的 Python 包冗疮，之后按需添加即可。
4.切換環(huán)境
點擊右下角的 conda 環(huán)境名檩帐，可以切換環(huán)境术幔。
這里切換后，代表我們項目目錄中所有的腳本都要依賴于這個環(huán)境轿塔。
但是特愿，需要注意，一些老鳥已經(jīng)會熟練操作 Conda 了勾缭，比如像下面這樣來切換環(huán)境：
不幸的是，雖然命令行conda activate base 可以將當(dāng)前環(huán)境 example 切換為 base目养，但是這里只是將命令行的環(huán)境切換了俩由，我們 Pycharm 項目的 conda 環(huán)境紋絲不動。
所以想切換當(dāng)前項目的環(huán)境癌蚁，最好點擊右下角圖標(biāo)
5.使用 Conda 環(huán)境
這里以繪制一張熱圖為例來簡單使用下配置好的環(huán)境
安裝matplotlib包
寫代碼
import random
from matplotlib import pyplot as plt
# 準(zhǔn)備數(shù)據(jù)
# 定義橫縱坐標(biāo)
xLabel = ['geneA', 'geneB', 'geneC', 'geneD', 'geneE']
yLabel = ['sample1', 'sample2', 'sample3', 'sample4', 'sample5']
# 定義填充數(shù)據(jù)
data = []
for i in range(5):
temp = []
for j in range(5):
k = random.randint(0, 100)
temp.append(k)
data.append(temp)
# 開始作圖
fig = plt.figure()
# 畫布
ax = fig.add_subplot(111)
# 坐標(biāo)刻度
ax.set_yticks(range(len(yLabel)))
ax.set_xticks(range(len(xLabel)))
ax.set_xticklabels(xLabel)
ax.set_yticklabels(yLabel)
# 作圖
im = ax.imshow(data)
# 圖例
plt.colorbar(im)
plt.show()
出圖
這里同樣也可以激活Scientific Mode幻梯，可以這么來設(shè)置
效果是這樣的：
如果想在 Pycharm 中使用 R 語言，可以參考這篇：
在Pycharm 中使用 R 時努释，效果是這樣的：
接下來碘梢，享受搭建好的環(huán)境吧
