我們通過GEO或者其他數(shù)據(jù)庫篩選出了一批顯著差異基因古瓤，接下來就需要分析這些基因參與了哪些功能，我們下一步需要進行GO功能注釋和KEGG（pathway）通路富集分析。那么睦焕，啥叫GO功能注釋呢藐握？以及什么叫KEGG（pathway）通路富集分析，我們所做的GO和KEGG是為了從這批差異基因中得知他們參與的功能與通路垃喊。
先說說GO猾普，GO(GENG ONTOLOGY)分別從功能、參與的生物途徑本谜、細胞中的定位初家，對基因產物進行了簡單注釋。所以通過GO富集分析可粗略的了解基因富集在哪些生物學功能乌助、途徑或細胞定位溜在。
再說說KEGG，大多數(shù)聽說KEGG（Kyoto encyclopedia of genes and genomes）的人都會把它當做一個基因通路（pathway）的數(shù)據(jù)庫他托，其實它的功能還不止于此掖肋。KEGG是一個整合了基因組、化學和系統(tǒng)功能信息的綜合數(shù)據(jù)庫上祈。
DAVID （the Database for Annotation培遵，Visualization and Integrated Discovery）的網(wǎng)址是http://david.abcc.ncifcrf.gov/。 DAVID是一個生物信息數(shù)據(jù)庫登刺，也是一款在線免費分析軟件籽腕，其整合了生物學數(shù)據(jù)和分析工具，為大規(guī)模的基因或蛋白列表（成百上千個基因ID或者蛋白ID列表）提供系統(tǒng)綜合的生物功能注釋信息纸俭，幫助用戶從中提取生物學信息皇耗。目前DAVID數(shù)據(jù)庫主要用于差異基因的功能和通路富集分析，對很多科研工作者來說揍很，是個非常好的工具郎楼。
準備輸入文件
需要一列類似的含有基因名數(shù)據(jù)
開始進入分析
選擇functioal annotation選項
（1）粘貼基因（2）選擇official—gene-symbol（3）選擇genelist（4）提交list
提交完成后，界面會彈出上面所示的提示框 窒悔，按確定即可呜袁。
按照如上流程進行，1 list1——2 Use——3選擇物種“homo sapines（人類）”——4 點擊Select Species
首先把所有默認選項都清空简珠，只選擇Gene_Ontology下的GOTERM_BP_DIRECT和CC阶界、MP和Pathways 下的KEGG_PATHWAY ，最后點擊 Functional Annotation chart聋庵，結果就出來了膘融。
可以點擊右上角的Download File 按鈕，將結果進行復制保存祭玉。其中結果包括功能和通路兩部分氧映。
Kobas數(shù)據(jù)庫
簡介
KOBAS（KEGG Orthology Based Annotation System）是一個被廣泛用于基因/蛋白質功能注釋和功能集富集的網(wǎng)頁版數(shù)據(jù)庫。使用者在給定一組基因或蛋白質脱货，該數(shù)據(jù)庫可以確定某些通路和基因本體論（GO）是否有統(tǒng)計學顯著性岛都。
KOBAS 3.0的輸入不支持gene symbol律姨，所以使用者在使用前需將Symbol ID轉換成Entrez Gene ID（或者）ensembl格式的ID。
推薦進行基因ID轉換的網(wǎng)站：gprofiler ：http://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gconvert.cgi
使用者需要（1）上傳或者粘貼含有基因列表的數(shù)據(jù)（2）選擇物種為homo sapines（人類）（3）確定輸出格式為ENSG（4）點擊RUN（5）下載注釋后的數(shù)據(jù)：Export to CSV疗绣。下載的注釋后的數(shù)據(jù)如下所示：
KOBAS注釋
使用者將轉換后的ID輸入http://kobas.cbi.pku.edu.cn/anno_iden.php线召，根據(jù)研究對象類型，進行相應選擇：選擇KEGG Pathway與GO多矮，點擊Run；
將富集結果下載：
下載得到富集結果如下：
GO與KEGG富集分析哈打，DAVID和KOBAS是比較簡單同時受歡迎和認可的選擇塔逃。
相比之下，KOBAS畫出的圖更賞心悅目料仗，但KOBAS不支持直接輸入gene symbol湾盗，所以我們常常聯(lián)合DAVID和KOBAS聯(lián)合使用。
作者：柳葉刀與小鼠標
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來源：簡書
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