FSL 是什么攀唯？

全名是： FMRIB's Software Library

• FMRIB 是 英國(guó)牛津大學(xué)腦功能磁共振成像中心低飒，F(xiàn)SL 則是他們開(kāi)發(fā)的一個(gè)軟件庫(kù)霹崎。
• 由 Stephen Smith 教授開(kāi)發(fā)胯陋，發(fā)布于 2000年
• 適用于所有操作系統(tǒng)
• 用于結(jié)構(gòu) MRI、功能 MRI（任務(wù)扒磁、靜息）庆揪、擴(kuò)散 MRI的分析
• MRI, CT數(shù)據(jù)的預(yù)處理和分析
• MRI, CT數(shù)據(jù)的查看

具體地，可以分為以下4類(lèi)功能

1 結(jié)構(gòu) MRI

• 配準(zhǔn): linear (FLIRT) & non-linear (FNIRT)
• 腦組合分割/提确镣小： brain segmentation/extraction (BET)
• 組織類(lèi)型分割: tissue type segmentation (FAST)
• 皮層下結(jié)構(gòu)分割: subcortical structures segmentation (FIRST)
• 體素 GM 密度分析: voxelwise GM density analysis (FSLVBM)
• 萎縮估計(jì): atrophy estimation (SIENA）

2 . 功能 MRI

• 運(yùn)動(dòng)校正: motion correction (MCFLIRT)
• EPI失真校正: EPI distortion correction (FUGUE, PRELUDE)
• 基于模型的分析: model-based analysis (FEAT)
• 無(wú)需模型的ICA分析: model free ICA-based analysis (MELODIC)
• 灌注貝葉斯分析: Bayesian analysis of perfusion, ASL data
  (FABBER, VERBENA, BASIL)

3 彌散 MRI

• 失真校正: distortion correction (TOPUP)
• 渦流校正: eddy current correction (EDDY)
• 彌散工具箱: diffusion toolbox (FDT)
• 空間統(tǒng)計(jì): tract-based spatial statistics (TBSS)

4 其他
前三個(gè)功能都是針對(duì)特定研究人群的缸榛，但是其他里面的小工具適合處理MRI,CT等圖像吝羞，實(shí)用性非常強(qiáng)。

FSL 的應(yīng)用舉例

1. 分割之--大腦圖像提取/去頭骨

普通掃描的大腦圖像包含非常多的組織内颗，如圖所示

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從圖上來(lái)看五嫂，操作也是非常簡(jiǎn)單颗品，一句命令就搞定了。圖片上有橘色和紫色區(qū)域就是提取出的腦組織沃缘。

2. 分割之--組織分割

上述中躯枢，我們只是把腦組織從圖像里分割出來(lái)，更進(jìn)一步槐臀，我們可以對(duì)腦實(shí)質(zhì)進(jìn)行分割锄蹂，分割出白質(zhì)（WM），灰質(zhì)(GM)以及核團(tuán)（CSF）水慨。

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該任務(wù)就相當(dāng)于是對(duì)大腦組織進(jìn)行三類(lèi)分割得糜。

這里就可以用到FAST功能。

3. 配準(zhǔn)

配準(zhǔn)功能也是非常強(qiáng)大晰洒，內(nèi)置了很多個(gè)標(biāo)準(zhǔn)空間朝抖。

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但是，無(wú)論是分割還是配準(zhǔn)谍珊，都有局限性：只對(duì) MRI 腦數(shù)據(jù)有作用,因?yàn)镕SL 本身就是腦影像數(shù)據(jù)處理軟件治宣。

那我們不做 MRI 腦數(shù)據(jù)，這個(gè)工具還能干什么呢砌滞？

以下簡(jiǎn)單介紹一些通用功能：

4. 使用FSLeyes查看圖像

該工具有點(diǎn)類(lèi)似 PS 工具侮邀，可以疊加好幾個(gè)圖層進(jìn)行顯示。比如底層是原始圖像贝润，上面一層是分割結(jié)果绊茧。

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該功能推薦程度：??????????
以后會(huì)詳細(xì)介紹FSLeyes的使用。這里做一個(gè)簡(jiǎn)單了解打掘。

5. Fslutils 工具包

FSLUTILS 是一組有用的命令行實(shí)用程序按傅，允許分析和 Nifti 格式數(shù)據(jù)集進(jìn)行轉(zhuǎn)換捉超、處理等∥ㄉ埽可以同時(shí)處理 3D 和 4D 數(shù)據(jù)拼岳。對(duì)于這些程序中的每一個(gè)，只需鍵入程序名稱(chēng)即可獲得使用幫助况芒。

列舉幾個(gè)常用命令：

• fslcpgeom - 將標(biāo)題信息的某些部分（圖像尺寸惜纸、體素尺寸、體素尺寸單位字符串绝骚、圖像方向/）從一個(gè)圖像復(fù)制到另一個(gè)圖像
• fslinfo - 報(bào)告 Nifti 數(shù)據(jù)的頭文件信息
• fslmaths - 簡(jiǎn)單但功能強(qiáng)大的程序耐版，允許對(duì)圖像進(jìn)行數(shù)學(xué)處理
• fslmerge - 合并多個(gè)圖像文件
• fslroi - 從圖像中提取感興趣區(qū)域 (ROI)
• fslslice - 將 3D 文件拆分為許多 2D 文件（沿 z 軸）
• fslsplit - 將一個(gè) 4D 文件分割成許多 3D 文件
• fslorient - 報(bào)告圖像的采集方向信息

以上只是對(duì) FSL 的一個(gè)簡(jiǎn)單介紹，F(xiàn)SL 常用工具的入門(mén)很容易压汪。但是要使用 FSL 進(jìn)行神經(jīng)影像的分析會(huì)有難度粪牲。

如果想要更好的學(xué)習(xí)，提供以下幾個(gè)鏈接止剖，讀者可自學(xué)腺阳。

FSL 實(shí)用鏈接

1. FSL 官網(wǎng)
2. FSLeyes 詳細(xì)介紹
3. FSL培訓(xùn)課程（2019)
   
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如果你覺(jué)得這個(gè)功能實(shí)用，歡迎閱讀下次安裝教程~~

請(qǐng)持續(xù)關(guān)注穿香，后續(xù)會(huì)詳細(xì)介紹幾個(gè)實(shí)用功能的用法亭引，包括 FSLeyes, 腦組織分割，配準(zhǔn)皮获，F(xiàn)slutils工具包常用功能焙蚓。