做完轉(zhuǎn)錄組分析完之后萤晴，一般會找到一些差異表達的基因吐句。差異表達基因中如果有轉(zhuǎn)錄因子的話，可以研究一下轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控哪些基因的表達店读。要預測轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控的靶基因嗦枢，需要兩個步驟：
1. 首先需要知道轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合序列特征
2. 基于轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合序列特征去基因上游的promoter區(qū)搜索，如果能搜索到結(jié)合特征的序列屯断，那么該轉(zhuǎn)錄因子就有可能調(diào)控該靶基因文虏。
今天我們就介紹采用JASPAR網(wǎng)站來完成轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控靶基因的預測
轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合序列特征的查找
1. 轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合序列特征，這個可以采用JASPAR網(wǎng)站（http://jaspar.genereg.net/）中的"Profile Inference" 功能實現(xiàn)裹纳。輸入轉(zhuǎn)錄因子的氨基酸序列择葡，如下圖所示：
2. 預測的結(jié)果可能會很多紧武，一般選擇E-value最小的結(jié)合Maxtrix作為轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點特征剃氧，如下圖所示：
3. 查看結(jié)合序列的詳細信息：可以下載結(jié)合位點的特征信息， 在本地進行轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控基因的批量預測阻星，也可以采用JASPAR 網(wǎng)站提供的scan功能朋鞍，進行少量基因的調(diào)控預測（下面會詳述）。
JASPAR預測轉(zhuǎn)錄因子靶基因
少量基因啟動子區(qū)的結(jié)合位點預測可以采用網(wǎng)站提供是“Scan” 實現(xiàn)妥箕。具體步驟如下：
1. 首先搜索轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點: 如上一步"Profile Inference"預測到的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點特征
2. 選擇要搜索的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點特征
3. 輸入啟動子區(qū)的序列滥酥，點擊“Scan” 運行
4. 預測結(jié)果如下圖所示，會顯示轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點在promoter區(qū)域的位置信息和打分信息：
當然這個網(wǎng)站畦幢，只適合對轉(zhuǎn)錄因子進行少量的靶基因預測坎吻，如果需要對大量的靶基因進行預測，需要將轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點的PFM文件下載到本地宇葱，采用一些本地的軟件進行大規(guī)模的預測瘦真。
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