liftover 是UCSC提供的一個(gè)用于不同基因組注釋版本間基因組坐標(biāo)轉(zhuǎn)換的工具优妙。UCSC 提供了一個(gè)web版本程剥；數(shù)據(jù)過多時(shí)用起來很不方便，也可以下載程序到本地進(jìn)行批量操作而芥。
應(yīng)用： 已經(jīng)發(fā)表的chipseq peak 結(jié)果可能基于不同基因組版本可都，這樣就不好直接比較某些peak之間的關(guān)系了，重新分析一次數(shù)據(jù)需要時(shí)間成本婚陪；因此族沃，使用liftover將peak位置信息轉(zhuǎn)換到同一基因組版本不失為為一個(gè)簡單的方法。
#1. 網(wǎng)頁版 liftover在線使用
##1.1 UCSC 官網(wǎng)的web版liftover ：
##1.2 使用方法
- 選定原始數(shù)據(jù)物種及版本信息
- 選定需要轉(zhuǎn)化的目標(biāo)物種及版本信息
- 上傳數(shù)據(jù)或直接黏貼數(shù)據(jù)泌参，提交
##1.3 示例
chr1 3505060 3505170
chr1 4504150 4504258
chr1 4791886 4792031
chr1 4792358 4792452
chr1 4797825 4797956
chr1 7079047 7079164
chr1 9550473 9550602
chr1 9615477 9615630
chr1 9616792 9616994
chr1 9623913 9624108
chr1 9624276 9624419
chr1 9685842 9685935
chr1 9929393 9929495
chr1 9932939 9933071
chr1 9974265 9974358
##1.4 示例操作結(jié)果和參數(shù)使用
#2 命令行版本liftover
##2.1 根據(jù)自己系統(tǒng)選擇程序版本
版本選擇
[linux.x86_64 liftOver]： http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/liftOver
##2.2 使用方法
$ chmod +x liftOver
$ liftOver input.bed map.chain output.bed unMapped.bed
#input.bed: 輸入數(shù)據(jù)
#output.bed：轉(zhuǎn)換成功的坐標(biāo)
#unMapped.bed：轉(zhuǎn)換失敗的坐標(biāo)
##2.23 map.chain
? liftOver工作需要的一個(gè)轉(zhuǎn)換數(shù)據(jù)脆淹，此數(shù)據(jù)可以從UCSC下載；
- map.chain數(shù)據(jù)下載沽一，以
mm10ToHg19.over.chain為例：
mm10ToHg19.over.chain.gz包含了將mm10 (Mouse GRCm38)坐標(biāo)轉(zhuǎn)換成hg19 (Human GRCh37)坐標(biāo)需要的信息盖溺。-
UCSC -> Downloads -> Genome data -> Mammals
-> Mouse -> (GRCm38/mm10) -> LiftOver files
-
UCSC -> Downloads -> Genome data -> Mammals
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