2018年腫瘤免都疫榮獲諾獎(jiǎng)状勤，成為一大熱點(diǎn)鞋怀。咱有些小伙伴的數(shù)據(jù)庫(kù)挖掘卻一萬(wàn)年停留在那些被玩壞了的套路上，比如像這樣做一個(gè)GEO的差異分析荧降，就放上這兩圖接箫。
還有就是那個(gè)通路分析，網(wǎng)絡(luò)分析
然后你的文章就是因?yàn)檫@樣lowbee的套路被拒的[圖片上傳失敗...(image-296776-1547909938262)] 這樣的科研真令人絕望朵诫。然鵝辛友，有些小伙伴的數(shù)據(jù)挖掘可以是這樣的：
基因表達(dá)與免疫浸潤(rùn)的關(guān)系，從轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)提取出免疫浸潤(rùn)數(shù)據(jù)剪返。其實(shí)早已有大佬開(kāi)發(fā)出相關(guān)軟件废累，甚至網(wǎng)頁(yè)工具，助力數(shù)據(jù)挖掘脱盲。計(jì)算免疫浸潤(rùn)的軟件工具從算法層面主要分為三類(lèi)邑滨，包括基于Marker gene的算法，基于partial deconvolution钱反，以及complete deconvolution掖看。從
咱們無(wú)生物信息背景的科研凡人視角來(lái)看匣距，咱就分為網(wǎng)頁(yè)版工具[圖片上傳失敗...(image-262630-1547909984040)] （方便好用上手快呀）與需要命令行工作的軟件包（主要是基于R平臺(tái)的軟件包）。以下附上相關(guān)軟件工具的匯總：
白介素2同學(xué)特地標(biāo)記出來(lái)兩個(gè)網(wǎng)頁(yè)版的工具哎壳，親測(cè)有效毅待，墻裂推薦試試TIMER，簡(jiǎn)直可以說(shuō)腫瘤免疫浸潤(rùn)分析界的神器了归榕，能做的分析包括以下幾種：[圖片上傳失敗...(image-1373c8-1547910008837)]
1. 基因表達(dá)與免疫浸潤(rùn)的相關(guān)性尸红，
2. 免疫浸潤(rùn)或者基因表達(dá)的生存曲線
3. 免疫浸潤(rùn)與****somatic CNA****的關(guān)系
4. 甚至腫瘤與正常組織的差異表達(dá)情況
5. 基因表達(dá)之間的相關(guān)性
6. 最后是根據(jù)自己的數(shù)據(jù)計(jì)算免疫浸潤(rùn)分?jǐn)?shù)
簡(jiǎn)單放幾張結(jié)果圖，展示下可能得到的結(jié)果：
隨手看了下刹泄，基因表達(dá)與各種免疫細(xì)胞浸潤(rùn)的關(guān)系外里。
發(fā)現(xiàn)右側(cè)還有，隨手而動(dòng)的Cox多因素分析特石，（代碼都是自動(dòng)的）計(jì)算好的HR盅蝗。
居然還有還有差異表達(dá)分析：
在乳腺癌中，PIK3CA突變組與非突變組的免疫浸潤(rùn)情況县匠。
好了講到這里风科，白介素2同學(xué)已經(jīng)徹底淪陷了[圖片上傳失敗...(image-b243e1-1547910087439)] ，本來(lái)根本沒(méi)有打算寫(xiě)這個(gè)工具這么多內(nèi)容的乞旦，自己在測(cè)試的時(shí)候忍不住了[圖片上傳失敗...(image-4391ee-1547910087439)] 贼穆。這樣純點(diǎn)擊，自動(dòng)化的發(fā)表級(jí)圖片兰粉，自然是喜歡得不得了[圖片上傳失敗...(image-5da21f-1547910087439)] 故痊。
不行振作起來(lái)，還有一個(gè)關(guān)鍵內(nèi)容沒(méi)寫(xiě)完嘞玖姑，按要求準(zhǔn)備好表達(dá)數(shù)據(jù)愕秫，格式如下：
詳細(xì)的操作步驟就不做過(guò)多講解了，需要的小伙伴可自行去網(wǎng)站畏腕，稍微點(diǎn)擊幾下就會(huì)缴川，像白介素同學(xué)也就看了幾眼，網(wǎng)站炒雞親民描馅，根本不需要教程的把夸，如果實(shí)在需要教程，網(wǎng)站配套有錄制好的視頻（需要梯子奧）铭污。
《致科研》
如果我愛(ài)你恋日，絕不學(xué)那****lowbee****的套路膀篮，為****pubmed****重復(fù)單調(diào)的差異分析****PPI****。
如果我愛(ài)你谚鄙，絕不放過(guò)那些無(wú)敵的神器各拷，借腫瘤免疫的高枝炫耀自己。
也不止像qPCR
也不止像Western blot
甚至Microarray, 甚至 RNA-seq
不闷营，這些都還不夠，我必須是腫瘤免疫近旁的熱點(diǎn)
作為數(shù)據(jù)挖掘的形象和你站在一起
數(shù)據(jù)在數(shù)據(jù)庫(kù)里知市，分析在R和那些年我們講過(guò)的神器里
每一次挖掘傻盟，我們都有新的方向。
……
改編自《致橡樹(shù)》-舒婷
附上網(wǎng)址及相關(guān)參考資料：
