今天讀文獻(xiàn)，遇到比較感興趣的樣本吩坝，數(shù)據(jù)下載下來(lái)是loom文件毒姨，查了下loom文件轉(zhuǎn)換為seurat對(duì)象的方法。做個(gè)筆記钉寝。
- 背景
seurat 分析無(wú)法應(yīng)付指數(shù)級(jí)增長(zhǎng)的單細(xì)胞數(shù)據(jù)集計(jì)算需求弧呐。Linnarson實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的基于hdf5的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)loom，可以方便地存儲(chǔ)單細(xì)胞基因組數(shù)據(jù)集和元數(shù)據(jù)嵌纲。HDF5數(shù)據(jù)格式不將數(shù)據(jù)存儲(chǔ)在內(nèi)存中俘枫，而是提供高效的磁盤存儲(chǔ)，甚至可以擴(kuò)展到大型數(shù)據(jù)集(甚至是>1M細(xì)胞)逮走。
注意：loom對(duì)象是文件的連接鸠蚪，寫入到文件完成之后，必需關(guān)閉文件言沐。 - 處理工具
基于python的工具：loompy
基于R的處理工具：loomR - 官方教程
seurat：https://satijalab.org/seurat/mca_loom.html
loomR https://satijalab.org/loomR/loomR_tutorial.html
安裝
devtools::install_github(repo = 'mojaveazure/loomR', ref = 'develop')
library(loomR)
library(Seurat)
pbmc <- connect(filename = "pbmc3k.loom", mode = "r"
pbmc3k.loom$close_all() # loom文件處理完要記得關(guān)閉
pbmc <- as.Seurat(pbmc)
VlnPlot(pbmc, features ="ACTB" , ncol = 2, pt.size = 0.1)
# Always remember to close loom files when done
- 其他
這里有人介紹了一個(gè)可以各種格式轉(zhuǎn)換的R包邓嘹，sceasy，禁止轉(zhuǎn)載和摘錄险胰，所以鏈接： https://www.bilibili.com/read/cv8675277
這是github鏈接： https://github.com/cellgeni/sceasy
其中l(wèi)oom文件可以轉(zhuǎn)換為 SingleCellExperiment
參考筆記：1. http://www.reibang.com/p/880f8ead9f5e?utm_source=desktop&utm_medium=timeline
2.http://www.reibang.com/p/9eb324ca5ff9 loom文件的具體結(jié)構(gòu)和操作命令汹押； seurat對(duì)象轉(zhuǎn)換到loom文件。
- http://www.reibang.com/p/396345566479?from=singlemessage&tdsourcetag=s_pcqq_aiomsg eurat對(duì)象起便、singlecellexper對(duì)象和anndata對(duì)象之間進(jìn)行轉(zhuǎn)換
