1.global Fst
vcftools --vcf QC.vcf --weir-fst-pop A --weir-fst-pop B --weir-fst-pop C --weir-fst-pop D --weir-fst-pop E --weir-fst-pop F --fst-window-size 50000 --fst-window-step 25000 --out global_FST
篩選出來(lái)的Fst值較大的區(qū)域淑廊，意味著在這些群體間的分布不均勻，對(duì)于研究單個(gè)群體沒(méi)什么用
這方法只能給出整個(gè)群體中受選擇的位點(diǎn)特咆，但不能提示受選擇的具體品種
2.群體Fst
The average FST and associated P values over all sliding windows were regarded as the values at the whole-genome level.
Pairwisegenome-wide FST values also indicated that genomic differentia-tion between landraces and improved breeds (FST = 0.032, P=0.041) was less than that between Asiatic mouflon and landraces (FST = 0.125, P= 0.015) or between Asiatic mouflon and
improved breeds (FST = 0.132, P= 0.016).
《Whole-genome resequencing of wild and domestic sheep identifies genes associated with morphological and agronomic traits》
盡管這里的Fst值不是使用常規(guī)的vcftools計(jì)算季惩，但道理是一樣的
原文這里使用的Arlequin3.5 蠢爆了，是我見(jiàn)過(guò)最蠢的軟件腻格。
1.linux版壓縮包里面提供的bash腳本画拾，甚至需求windows下的exe文件
2.linux下的結(jié)果只以htm格式提供，稍微大一點(diǎn)的樣本量菜职，就會(huì)導(dǎo)致結(jié)果文件打不開(kāi)
3.設(shè)置計(jì)算內(nèi)容青抛，需要手動(dòng)調(diào)整配置文件（甚至連這一點(diǎn)都是我摸索出來(lái)的），具體怎么調(diào)酬核，自己摸索去吧蜜另。
