前言
這個(gè)經(jīng)驗(yàn)貼是我參考了CSDN上的一個(gè)教程后寫出來(lái)的楞遏，由于那個(gè)教程已經(jīng)是近10年前寫下的了，現(xiàn)在的環(huán)境變動(dòng)很大首昔，因此我把我個(gè)人的一些步驟寫在這里寡喝。
在linux上搭建NAMD完成分子動(dòng)力學(xué)模擬，需要安裝fftw勒奇、tcl/tk以及Charm ++预鬓。
fftw
fftw的安裝包可以到官網(wǎng)獲取。
安裝并配置fftw的命令如下：
//根據(jù)你下載到的文件名應(yīng)變
$ tar zvxf fftw-3.3.8.tar.gz
$ cd fftw-3.3.8
$ ./configure
$ sudo make install
TCL/TK
TCL/TK的安裝包可以到官網(wǎng)獲取赊颠。
下載后格二，運(yùn)行以下命令：
$ tar zxf ActiveTcl-8.6.9.8609.2-x86_64-linux-glibc-2.5-dcd3ff05d.tar.gz
$ cd ActiveTcl-8.6.9.8609.2-x86_64-linux-glibc-2.5-dcd3ff05d
$ ./install.sh
Charm ++
Charm ++的安裝我是完全按照官網(wǎng)的教程來(lái)的劈彪。
下載并解壓最新版的Charm ++，請(qǐng)運(yùn)行：
$ wget https://charm.cs.illinois.edu/distrib/charm-latest.tar.gz
$ tar xzf charm-latest.tar.gz
配置Charm ++顶猜，請(qǐng)運(yùn)行：
$ cd charm
$ ./build charm++ netlrts-linux-x86_64 --with-production -j4
NAMD
完成了以上3個(gè)步驟的安裝和配置沧奴，就可以安裝NAMD了。
NAMD的安裝包可以到官網(wǎng)獲取长窄。要在linux環(huán)境完成并行運(yùn)算滔吠，需要下載multicore-CUDA版本。
下載后挠日，解壓疮绷，就可以使用了。
$ tar zxf NAMD_2.13_Linux-x86_64-multicore.tar.gz
