scale transformation中的trans參數(shù)
以可視化log轉(zhuǎn)換的結(jié)果為例說明ggplot2是如何實(shí)現(xiàn)的：
# mpg為original data , p0為original data的可視化 帆卓，p1和p2為兩種實(shí)現(xiàn)方式
p0 <- ggplot(mpg,aes(displ,cty)) + geom_point() + labs(title="original mpg")
p1 <- ggplot(mpg,aes(displ,log10(cty))) + geom_point() + labs(title="change mpg")
p2 <- ggplot(mpg,aes(displ,cty)) + geom_point() + scale_y_continuous(trans="log10") + labs(title="scale transformation")
p3 <- ggplot(mpg,aes(displ,cty)) + geom_point() + coord_trans(x="log10",y="log10") + labs(title="coord_trans()")
ggpubr::ggarrange(p0,p1,p2,p3,ncol=1)
p1和p2除了縱坐標(biāo)labels泉手，其他看起來一模一樣。兩者的區(qū)別是：相對(duì)于p0送滞，p1直接對(duì)original data(mpg)進(jìn)行transformat（改變了original data）寸谜，p2通過scale進(jìn)行transformat（不改變original data）肚菠。
總結(jié)下來是：要實(shí)現(xiàn)坐標(biāo)軸的log轉(zhuǎn)換，對(duì)data進(jìn)行l(wèi)og轉(zhuǎn)換是必須的菱阵。p1和p2的區(qū)別其實(shí)是可視化實(shí)現(xiàn)方式(顯式轉(zhuǎn)換和隱式轉(zhuǎn)換)的區(qū)別踢俄。在log轉(zhuǎn)換后的可視化結(jié)果中，坐標(biāo)軸相同breaks處只是labels的區(qū)別晴及，實(shí)際對(duì)應(yīng)的數(shù)值是相同的褪贵，也就是對(duì)p2來說，真實(shí)的數(shù)值被帶上了"面具"抗俄，”面具“與真實(shí)數(shù)值之間是一一對(duì)應(yīng)關(guān)系脆丁。
為什么推薦p2？便于與p0比較动雹，可以看到log轉(zhuǎn)換后哪些更細(xì)微的差別被顯示出來槽卫。
you use a transformed scale, the axes will be labelled in the original data space; if you transform the data, the axes will be labelled in the transformed space
相對(duì)于p0，p3所做的事情是original data不變胰蝠，使坐標(biāo)軸不再是一個(gè)線性數(shù)軸歼培，而是經(jīng)過log轉(zhuǎn)換的數(shù)軸，因此這種轉(zhuǎn)換可能會(huì)改變幾何對(duì)象的形狀茸塞。另外躲庄，breaks的位置會(huì)變，但實(shí)際對(duì)應(yīng)的值钾虐，也就是labels跟p0是一樣的噪窘。
Regardless of which method you use, the transformation occurs before any statistical summaries. To transform after statistical computation use coord_trans()
在少數(shù)情況下，ggplot2為了簡化效扫，提供了幾種常用transformation的函數(shù)：scale_x/y_log10()倔监、scale_x/y_reverse()、scale_x/y_sqrt()菌仁。所以以下命令等價(jià)：
p4 <- ggplot(mpg,aes(displ,cty)) + geom_point() + scale_x_log10()
p5 <- ggplot(mpg,aes(displ,cty)) + geom_point() + scale_x_continuous(trans="log10")
trans參數(shù)的可選項(xiàng)如下：
transformation由transfer執(zhí)行来吩，一個(gè)transfer描述transformation及其逆轉(zhuǎn)換以及如何繪制labels荸实。以下命令等價(jià)：
p5 <- ggplot(mpg,aes(displ,cty)) + geom_point() + scale_x_continuous(trans="log10")
p6 <- ggplot(mpg,aes(displ,cty)) + geom_point() + scale_x_continuous(trans=scales::log10_trans())
可以用trans_new()構(gòu)建自己的transfer：
trans_new(
name, # transformation name
transform, # 函數(shù)或函數(shù)名睡毒，用來執(zhí)行transformation
inverse, # 函數(shù)或函數(shù)名生巡，用來執(zhí)行逆轉(zhuǎn)換
breaks = extended_breaks(), # default breaks function
minor_breaks = regular_minor_breaks(), # default minor breaks function
format = format_format(), # default format
domain = c(-Inf, Inf)
)
查看log_trans()的源代碼：
> log_trans
function (base = exp(1))
{
force(base)
trans <- function(x) log(x, base)
inv <- function(x) base^x
trans_new(paste0("log-", format(base)), trans, inv, log_breaks(base = base),
domain = c(1e-100, Inf))
}
