搞生信的军拟，python和R語言是必不可少的兩種語言, 尤其是python炸裆。
NGS測序數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)量一般都較大，數(shù)據(jù)的分析大都需要使用布置了linux系統(tǒng)的服務(wù)器進(jìn)行分析迁霎。
Linux系統(tǒng)桌面做的一般，數(shù)據(jù)的分析大都需要使用命令行進(jìn)行操作百宇。
Windows中布置python或者R環(huán)境有什么用呢考廉？
對linux系統(tǒng)不熟的初學(xué)者，可以使用此教程在Windows系統(tǒng)中學(xué)習(xí)python或者R語言恳谎；
對已經(jīng)分析好的數(shù)據(jù)結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計及可視化芝此，比如委托第三方分析好的數(shù)據(jù)結(jié)果，NGS原始fastq數(shù)據(jù)太大因痛，個人筆記本的確處理不了，但分析好的結(jié)果數(shù)據(jù)一般不大岸更，個人筆記本完全可以搞定鸵膏。
對常規(guī)的數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計及可視化，如一些臨床數(shù)據(jù)怎炊，qPCR的數(shù)據(jù)等
學(xué)習(xí)機器學(xué)習(xí)或者深度學(xué)習(xí)建模谭企，找一個數(shù)據(jù)量較小的數(shù)據(jù)集完全可以在個人筆記本電腦進(jìn)行機器學(xué)習(xí)或者深度學(xué)習(xí)的實操練習(xí)。
那么如何在Window中布置python和R語言環(huán)境呢评肆？在這里我推薦使用Jupyter（一個IDE）债查，Jupyter絕對是數(shù)據(jù)科學(xué)家的神器，是數(shù)據(jù)處理瓜挽，數(shù)據(jù)可視化盹廷，機器學(xué)習(xí)建模的不二之選。
其有以下幾個優(yōu)點：
交互性: Jupyter 提供了交互式的編程環(huán)境久橙，可以逐步執(zhí)行代碼并即時查看結(jié)果俄占。這種實時反饋有助于快速迭代和調(diào)試代碼管怠。
可視化: Jupyter 支持內(nèi)聯(lián)可視化，可以在文檔中直接嵌入圖表缸榄、圖形和其他可視化結(jié)果，從而使數(shù)據(jù)分析更具交互性和可視化。
文檔編寫: Jupyter 文檔本身是由文本厂僧、代碼和可視化組成的怜校，因此非常適合編寫數(shù)據(jù)分析報告、教學(xué)材料和技術(shù)文檔鹰贵。您可以在同一個環(huán)境中結(jié)合代碼和解釋性文本晴氨，使得代碼更易于理解和分享。
多語言支持: 雖然 Jupyter 在 Python 社區(qū)中應(yīng)用廣泛砾莱，但它也支持其他編程語言瑞筐，例如 R、Julia 和 Scala腊瑟。這使得 Jupyter 成為一個多用途的工具聚假，可用于各種數(shù)據(jù)科學(xué)和計算任務(wù)。
可擴展性: Jupyter 是一個開源項目闰非，具有強大的社區(qū)支持和活躍的開發(fā)者生態(tài)系統(tǒng)膘格。您可以通過安裝各種插件和擴展來擴展 Jupyter 的功能，以滿足特定需求和工作流程财松。
如何安裝Jupyter呢瘪贱？我推薦使用Anaconda（安裝包下載地址：https://www.anaconda.com/download/success）：
下載好安裝包后，直接點擊安裝即可辆毡，推薦安裝到C盤以外的其它盤菜秦，其它設(shè)置無需修改。安裝好之后舶掖，Anaconda會讓你注冊一個賬號球昨，隨意，不注冊也不影響使用眨攘。
打開Anaconda后主慰，需要創(chuàng)建一個同時包含python和R語言的新環(huán)境（依次點擊下圖紅框的中的兩個，python和R都選擇上）：
等待安裝好即可鲫售，安裝好之后進(jìn)入該環(huán)境共螺，再啟動主頁的JupyterLab（下圖紅框，JupyterLab是更易使用的Notebook版本）：
啟動JupyterLab后情竹，其會在系統(tǒng)默認(rèn)瀏覽器中打開一個窗口：
點擊紅框內(nèi)的python3或者R語言內(nèi)核藐不，即可啟動基于Jupyter notebook的python/R運行界面了,下面以python為例（下圖中左側(cè)為文件夾區(qū)域，默認(rèn)為C盤用戶目錄，右面為代碼區(qū)）：
可以點擊File下拉菜單中的“Save Notebook As”佳吞，修改一下文件名：
其默認(rèn)在C盤中的目標(biāo)用戶目錄下拱雏，會生成目標(biāo)的ipynb后綴文件，下次打開可繼續(xù)運行底扳。
下面就可以開始碼代碼了：首先介紹一下按鍵功能：
其它不必說铸抑，代碼塊性質(zhì)有三個選項（Code/MarkDown/Raw）:Code就是代碼，MarkDown就是支持MarkDown格式的文本衷模，如（兩個#號+空格+文字在MarkDown中表示二級標(biāo)題）：
另外支持代碼自動補全：
隨便生成數(shù)據(jù)測試一下（下圖中第一個代碼塊導(dǎo)入所需要的包鹊汛，第二個代碼塊先生成兩個0,1,2-9的Array并分別賦值給x，y阱冶，然后使用x刁憋，y繪制了一個折線圖，橫坐標(biāo)為x木蹬，縱坐標(biāo)為y）：
如果你需要的某一個python包沒有安裝至耻，直接在Notebook中運行安裝命令即可（下圖）：
也可在Anaconda目標(biāo)環(huán)境界面進(jìn)行手動搜索安裝，下圖中兩個紅框镊叁，選擇未安裝尘颓，并搜索目標(biāo)安裝包：
Jupyter對于python的支持已經(jīng)非常好了，但是對于R語言還是有些差強人意晦譬。R語言推薦使用RStudio疤苹，Anaconda中已經(jīng)兼容RStudio，直接安裝運行即可（安裝時會提示需要建一個RStudio單獨的環(huán)境敛腌，確認(rèn)即可）：
進(jìn)入RStudio環(huán)境并在主界面啟動RStudio（上圖紅框）卧土，就會進(jìn)入RStudio的界面（下圖），就可直接測試R語言代碼了像樊。
如果你是小白尤莺，不知道如何選擇python或者R語言。直接無腦選擇python即可生棍，python代碼更加易懂缝裁，并且對于機器學(xué)習(xí)和深度學(xué)習(xí)有更好的支持。
生信相關(guān)數(shù)據(jù)分析python都可以搞定足绅，只是進(jìn)行某些繪圖/統(tǒng)計時，R語言會更好用一些韩脑。
趕快行動試試吧氢妈。
