本系列將保持“言簡意賅、邏輯清晰”悼尾。
編者從事科研數據分析工作柿扣，在此分享一些經驗，歡迎留言或私信參與討論闺魏。
為什么學未状？
- 常規(guī)生信下游分析普通筆記本即可勝任，但做上游分析則性能不足析桥。
- 自己課題組或科室有服務器司草，但不熟悉Linux操作活翩，不知如何配置最佳。
常見的計算型服務器類型：
- 云服務器（共享服務器）
- 本地服務器
云服務器
從生物公司購買“生信云服務器”使用權翻伺，登錄后即可直接使用。
優(yōu)勢：
- 無需配置系統(tǒng)環(huán)境沮焕，只需安裝需要用的R包或linux軟件
- 遠程訪問方便吨岭，網速有保障
- 價格較本地服務器低很多，適合入門選擇
劣勢：
- 運行內存共享峦树，任務可能被擠掉
- 數據傳輸有時間成本辣辫，受網速影響
- 數據不在本地，有安全隱患
本地服務器
課題組或科室有相關設備魁巩，但需要自行配置使用
優(yōu)勢：
- 數據本地存儲急灭，數據存取、查看都很方便
- 同一局域網下谷遂，訪問和傳輸速度極快
- 可視化操作便捷葬馋，對初學者非常友好，也便于故障排除
劣勢：
- 遠程訪問需要配置網絡
- 所有運行環(huán)境都需要自行配置肾扰，需要耐心與時間
- 要留意停電通知畴嘶，及時關機
1. 裝什么系統(tǒng)：
使用Linux系統(tǒng)毋庸置疑，具體有三種方案：
-
方案一：Ubuntu （Ubuntu-22.04.2-desktop）
整機裝成一個Linux系統(tǒng)
不折騰集晚，適合長期穩(wěn)定運行的場景 -
方案二：Win+Ubuntu
裝雙系統(tǒng)窗悯，開機引導進入哪個系統(tǒng)
需要重啟切換系統(tǒng)，適合多場景使用的個人高性能主機 -
方案三：Win+WSL2
在Win系統(tǒng)下安裝Linux子系統(tǒng)偷拔，即WSL2
（不推薦）WSL2目前還不穩(wěn)定蒋院，稍有閃失Linux系統(tǒng)的文件就會丟失，適合有經驗的開發(fā)者莲绰，知道自己在做什么欺旧。 - 優(yōu)先推薦方案一，對于方案二蛤签，建議先裝Win再裝Ubuntu切端。以下圍繞方案一展開
2. 如何裝系統(tǒng)：
核心問題是把分區(qū)做好，其他步驟請參考以下文章顷啼，操作完成即可踏枣。
編者的分區(qū)方案：（歡迎在評論區(qū)分享自己方案，幫助更多的人）
主機配置：32G運行內存+256G固態(tài)硬盤+8T機械硬盤
| 分區(qū)類型 | 掛載點 | 大小 |
|---|---|---|
| efi | 500M | |
| swap | 48000M | |
| ext4 | /boot | 2000M |
| ext4 | /tmp | 10000M |
| ext4 | /var | 50000M |
| ext4 | /usr | 50000M |
| ext4 | /opt | 50000M |
| ext4 | / | 35560M（剩余空間） |
請參考：如何安裝 Ubuntu 22.04 LTS 桌面版 (圖文教程) ?
2. 更換軟件源
目的：后續(xù)更新系統(tǒng)钙蒙，軟件包下載速度會更快
登錄進入桌面后茵瀑，左下角打開軟件菜單，找到終端躬厌，右擊收藏马昨，會經常用到竞帽。
- 重命名源文件
sudo mv /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.bk
- 創(chuàng)建新的源文件
nano /etc/apt/sources.list
- 將以下內容粘貼進去，這幾行就夠了鸿捧。之后按Ctrl+O寫入屹篓，按Ctrl+X退出。
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ jammy main restricted universe multiverse
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ jammy-updates main restricted universe multiverse
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ jammy-backports main restricted universe multiverse
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu/ jammy-security main restricted universe multiverse
3. 安裝apt-faster
目的：多線程匙奴，安裝軟件速度更快
- 以下命令依次執(zhí)行
sudo apt-get install axel
sudo add-apt-repository ppa:apt-fast/stable
sudo apt-get update
sudo apt-get -y install apt-fast
- 選擇apt
- 設置最大連接數6
- 與apt-get功能相似堆巧，我們可以使用：
sudo apt-fast install package
sudo apt-fast remove package
- 更新軟件包
# 檢測軟件包是否有更新
sudo apt-fast update
# 執(zhí)行更新
sudo apt-fast upgrade
# 顯示哪些軟件包需要更新
sudo apt-fast dist-upgrade
4. 開啟root登錄
目的：特殊情況下安裝軟件包或修改配置系統(tǒng)
請參考： ubuntu 開啟root用戶登錄系統(tǒng)
5. 配置.bashrc
目的：配置常用命令的縮寫以提高效率；在命令行界面顯示一些系統(tǒng)信息
- 打開文件
nano ~/.bashrc
- 配置命令行顯示外觀
# 添加
export PS1='\[\e[1;36m\][\A-\#] \[\e[1;32m\]LUNA:\[\e[0;32m\]\u\[\e[1;33m\] → \[\e[1;33m\]$PWD \[\e[0m\] \n\[\e[0m\]'
- 配置常用命令的縮寫
# 添加
alias grep='grep --color=auto'
alias ll='ls -alFh'
alias la='ls -A'
alias l='ls -CF'
alias h='history'
alias b='cd ..'
alias bb='cd ../..'
alias bbb='cd ../../..'
alias le="less -S -N"
alias rm='rm -rf'
alias cp='cp -i'
alias mv='mv -i'
alias cls='clear'
alias rst='source ~/.bashrc'
- 使配置生效
source ~/.bashrc
至此泼菌，Linux系統(tǒng)的基本配置已完成谍肤，歡迎在留言區(qū)或私信與我們分享你的實踐與思考。
