讀《理解生物信息學(xué)》

跟著運(yùn)來(lái)兄搭建自己的生物信息小書(shū)房。趁年輕锨匆,讀幾本硬書(shū)崭别,到老了慢慢反芻冬筒。

思想就像基因一樣,需要通過(guò)表達(dá)來(lái)傳播和互相吸引茅主,并且生成新的東西舞痰。基因的表達(dá),這樣的表述讀起來(lái)平平常常诀姚,然而我們建立這樣一套概念系統(tǒng)是大量?jī)?yōu)秀的科學(xué)家不斷探索的結(jié)果响牛。

生物信息學(xué)不只是畫(huà)圖那么簡(jiǎn)單,而《理解生物信息學(xué)》就是為那些想進(jìn)一步理解生物信息學(xué)的好奇者準(zhǔn)備的禮物赫段。說(shuō)起這個(gè)禮物呀打,大約是在2017年的某個(gè)周末一個(gè)加班的下午,在一位同事工位上偶遇的糯笙。那時(shí)候贬丛,作為初入生信職場(chǎng)的新人,對(duì)所有的厚書(shū)感興趣给涕,就像一盒將要打開(kāi)的巧克力豺憔。

這本書(shū)為我后來(lái)進(jìn)一步理解生物信息打下了基礎(chǔ),讓我讀懂一行行代碼中蘊(yùn)含的生物信息够庙。比如:

  • 如何基于序列預(yù)測(cè)基因恭应?
  • 為什么16SrRNA/ITS擴(kuò)增子可以用來(lái)注釋微生物?
  • 聚類分析在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析中的作用首启?
  • 各物種間基因表達(dá)和功能的保守性如何建立的暮屡?
  • 為什么細(xì)胞類型的本質(zhì)是基因的差異表達(dá)?
  • 毅桃。褒纲。。钥飞。莺掠。。

可以是說(shuō)這本書(shū)的內(nèi)容是對(duì)我生物信息學(xué)背景知識(shí)的補(bǔ)充和擴(kuò)展读宙,特別是對(duì)一個(gè)半路出家的生物信息學(xué)工作者而言彻秆。本書(shū)共分為7部分:基礎(chǔ)知識(shí)、序列聯(lián)配结闸、進(jìn)化過(guò)程唇兑、基因組特征、二級(jí)結(jié)構(gòu)桦锄、蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)扎附、細(xì)胞和組織,以及附錄和字符表等结耀。其中留夜,我最感興趣也最有啟發(fā)的是:

  • 序列聯(lián)配
  • 進(jìn)化過(guò)程
  • 基因組特征
  • 細(xì)胞和組織

我簡(jiǎn)單做了一個(gè)思維導(dǎo)圖匙铡,對(duì)自己比較喜歡的部分做了紅色標(biāo)注:

除了內(nèi)容開(kāi)卷有益之外,本書(shū)的組織形式也比較人性化碍粥。每一章都有:

  • 學(xué)習(xí)效果列表鳖眼,它總結(jié)了該章所涉及的主題
  • 每一章都含有一個(gè)思維導(dǎo)圖,歸納這一章的知識(shí)邏輯
  • 每一章的每個(gè)小節(jié)都有一個(gè)流程圖以幫助讀者記憶該小節(jié)所涵蓋的主題
  • 每一章都配有教科書(shū)級(jí)別的插圖嚼摩,助于我們理解相關(guān)的概念
  • 每一章末都列了一些研究文獻(xiàn)和專業(yè)著作的參考文獻(xiàn)以幫助讀者進(jìn)一步擴(kuò)展知識(shí)钦讳、發(fā)展技能
  • 字符表和名詞解釋

《理解生物信息學(xué)》已經(jīng)成為我的案頭書(shū)之一,在有些概念需要梳理的時(shí)候低斋,我就會(huì)翻開(kāi)看看蜂厅,每有會(huì)意匪凡,往往有得膊畴。這不像《細(xì)胞分子生物學(xué)》那樣講的全是生物的知識(shí),也不是《R語(yǔ)言數(shù)據(jù)科學(xué)》那樣講的全是編程的技巧病游,《理解生物信息學(xué)》是一本真正意義上的生信書(shū)籍唇跨。

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