Linux下軟件的安裝
Linux的App Store
Conda是最方便快捷的軟件下載器，日常生信使用的是Miniconda。
以下引自生信星球
- conda是大Boss易迹，最初為管理python包而建立，它是一個大的涵蓋許多領(lǐng)域的軟件包管理器馁筐。
- anaconda是總管能岩，職務(wù)比conda低顺又，但干的活不少，也是個有內(nèi)涵的家伙
miniconda是區(qū)域經(jīng)理伊群，說白了就是干事的，而且比較專一策精，主要負(fù)責(zé)生信領(lǐng)域
conda舰始、miniconda與anaconda的關(guān)系圖
Miniconda的下載與安裝
下載
搜索Miniconda 清華，進(jìn)入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/咽袜。在自己的電腦服務(wù)器上輸入命令uname -a查看服務(wù)器位數(shù)丸卷，根據(jù)位數(shù)安裝最新版本，右鍵復(fù)制下載鏈接询刹，打開biosoft目錄谜嫉。
使用
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh下載。
注意：sh是腳本凹联，后續(xù)安裝失敗還可以再使用這個腳本沐兰。
安裝
使用命令bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh開始安裝。
按下回車鍵匕垫，可以看到很長的Miniconda End User License Agreement僧鲁，不斷回車直至不再出現(xiàn)more，此時出現(xiàn)Do you accept the license terms? [yes|no]再輸入yes，安裝即開始寞秃。安裝過程還有幾個輸入yes或者按下回車鍵斟叼，這里根據(jù)程序做出相應(yīng)命令，直到出現(xiàn)Thank you for installing Miniconda3!春寿，說明安裝成功朗涩。
安裝后還需要激活！
source ~/.bashrc激活conda绑改，輸入conda檢驗谢床，出現(xiàn)下面的信息就說明安裝成功了。
最后是添加鏡像厘线，輸入以下代碼即可识腿。
# 使用清華鏡像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
使用conda搜索、下載造壮、刪除軟件
查看當(dāng)前所有軟件列表conda list
搜索軟件
conda search 軟件名稱
安裝軟件
conda install fastqc -y渡讼，-y是自動安裝，如果不加-y需要手動輸入y耳璧，同樣可以安裝成箫，如下圖。
以下引自生信星球
默認(rèn)安裝最新版本旨枯，但是有的軟件新版本bug比較多蹬昌，可能需要用到老版本
如果要指定版本號，可以conda install fastqc=0.11.7 -
卸載軟件
使用conda remove fastqc -y即可卸載fastqc攀隔。
Conda 環(huán)境
在不同的項目中有時需要使用不同的軟件版本皂贩，使用不同的conda 環(huán)境可以安裝不同的軟件。
- 查看環(huán)境：
conda info --envs
查看環(huán)境 - 建立環(huán)境
建立一個名叫rnaseq的conda環(huán)境竞慢，然后指定python版本是3先紫，安裝軟件fastqc、trimmomatic筹煮。
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
再次查看環(huán)境遮精，發(fā)現(xiàn)多了一個rna-seq，但默認(rèn)還是base（*代表默認(rèn)環(huán)境）建立rna-seq環(huán)境 - 激活環(huán)境
使用conda activate rna-seq败潦，發(fā)現(xiàn)用戶名前變?yōu)榱?code>(rna-seq)本冲。可以輸入軟件名稱fastqc劫扒，檢驗是否可以使用檬洞。
激活環(huán)境
