R包小抄的介紹：

R包都有自己的說(shuō)明書(shū)（cheatsheet）湿镀，俗稱小抄椎侠。在對(duì)包有了一定的了解后，小抄是一個(gè)很好的學(xué)習(xí)操作指南，但是對(duì)于新手來(lái)說(shuō)般眉，很有可能完全看不懂了赵。今天的教程有一部分參照了小抄，并作出了通俗的解釋甸赃。相信跟著教程走下去柿汛，就可以學(xué)個(gè)七七八八，跟著練練埠对，然后自己研究一下小抄苛茂，一個(gè)R包就學(xué)個(gè)差不多啦。

準(zhǔn)備工作part1：學(xué)會(huì)獲取一個(gè)R包的小抄

方法1：去百度/谷歌XX小抄
方法2：找Rstudio的cheatsheet網(wǎng)站（網(wǎng)速好慢的）
https://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/
方法3：到生信星球公眾號(hào)回復(fù)相應(yīng)的包名來(lái)獲取

準(zhǔn)備工作part2：初步了解tidyr

它的功能主要有：
（1）數(shù)據(jù)框的變形
（2）處理數(shù)據(jù)框中的空值
（3）根據(jù)一個(gè)表格衍生出其他表格
（4）實(shí)現(xiàn)行或列的分割和合并
　　這個(gè)包是把你要用的數(shù)據(jù)處理成標(biāo)準(zhǔn)而統(tǒng)一的數(shù)據(jù)框（Tidy Data鸠窗，）妓羊，才能進(jìn)行進(jìn)一步的數(shù)據(jù)處理和作圖。

準(zhǔn)備工作part3--學(xué)習(xí)極簡(jiǎn)安裝R包：

1.下載和安裝tydir：install.packages("tidyr")
2.在控制臺(tái)輸入：library(tidyr)加載

準(zhǔn)備工作part4：數(shù)據(jù)框的小常識(shí)
1.新建數(shù)據(jù)框(這里直接把新建的數(shù)據(jù)框賦值給了a)
a<-data.frame(GeneId = rep("gene5",times=3),SampleName =paste("Sample",1:3,sep=""),Expression=c(14,19,18))
新建一個(gè)數(shù)據(jù)框并賦值給bioplanet這個(gè)變量（賦值符號(hào)<-還記得嘛）括號(hào)里是“列名”=列值稍计，這里列名要加雙引號(hào)躁绸。這里涉及的幾個(gè)給列填充數(shù)值的函數(shù)有
rep，重復(fù)臣嚣，括號(hào)中填要重復(fù)的字符和重復(fù)次數(shù)净刮。
paste，連接兩個(gè)字符串硅则，括號(hào)要填兩個(gè)代連接字符并指定分隔符（sep）淹父，沒(méi)有分隔符就填sep=“”。
1：3表示從1到3怎虫。如需一列中需要填入三個(gè)無(wú)規(guī)律的數(shù)字暑认，可以用向量c(1，3大审，4)蘸际，同樣如果填的是字符串也需要加雙引號(hào)，例如c("doudou","huahua","xiaoyu")徒扶。
2.了解概念：key-value--“鍵值對(duì)” 粮彤，表示一種對(duì)應(yīng)關(guān)系〗猓“鍵”和“值”都是列名导坟，如SampleName和Expression的對(duì)應(yīng)。
3.函數(shù)后面一般都要加括號(hào)圈澈，括號(hào)里第一個(gè)參數(shù)是都數(shù)據(jù)框名
4.字符串要加雙引號(hào)（行名和列名也是字符串惫周，但是可以不用加），其他單元格（姑且這么叫了）里出現(xiàn)的字符串要加士败。

準(zhǔn)備工作part5：認(rèn)識(shí)Tidy Data

這是一種組織表格數(shù)據(jù)的方式闯两，提供了一種能夠跨包使用的“統(tǒng)一”的數(shù)據(jù)格式褥伴。
什么叫“統(tǒng)一”：每個(gè)變量（variable）占一列，每個(gè)情況（case漾狼，姑且這么翻譯）和觀測(cè)值（observation）占一行重慢。

tidyr包的應(yīng)用

1.Reshape Data

gather：我就是剛才的魔法棒
spread：我能讓tidy data一夜回到解放前。
輸入數(shù)據(jù)（舉例）：a<-data.frame(country=c("A","B","C"),1999=paste(c(0.7,37,212),"K"),2000=paste(c(2,80,213),"K"))
gather(a,X1999,X2000,key = "year",value = "cases") gather括號(hào)里的分別是：數(shù)據(jù)框名逊躁，需合并的列名（兩個(gè)）似踱，合并后的key列名，value列名稽煤。
gather(a,"year","cases",X1999,X2000) #推薦的偷懶做法
gather(a,year,cases,-country) #-country的意思就是合并除country外剩下的列核芽。
結(jié)果示例：

image.png

2.Handle Missing Values

三種處理方式：
(1).刪除整行
(2).根據(jù)上下文（瞎）蒙一個(gè)
(3).同一列的空值填上同一個(gè)數(shù)。
X<-read.csv('doudou.txt')讀取數(shù)據(jù)

drop_na()：有空值的酵熙，整行刪除掉

括號(hào)里填數(shù)據(jù)框名轧简，依據(jù)的列名（有空值那一列的列名）
如drop_na(X,X2)

fill()，根據(jù)上一行的數(shù)值填充上（好應(yīng)付的感覺(jué)）

如fill(X,X2)

replace_na()匾二，空值填進(jìn)去特定的一個(gè)數(shù)值（還是在應(yīng)付）

括號(hào)里填數(shù)據(jù)框名哮独，要填的列名=要填的值
replace_na(X,list(X2=2))

3. Expand Tables

complete（把空值的位置補(bǔ)全）

image.png

expand

數(shù)據(jù)pin2<-data.frame(GeneId = rep("gene5",times=3),SampleName =paste("Sample",1:3,sep=""),Expression=c(14,19,18))
結(jié)果示例：

image.png

4.split cells(選修)

separate：按列分割
separate_rows：按行分割
unite：分割完了再合并回去
思維導(dǎo)圖：

image.png