之前有分享過Windows系統(tǒng)Linux的安裝，在這就不贅述了篮洁。直接開始介紹GWAS中Quality control, phaing, imputation所用到的常用軟件安裝方法（以Ubuntu為例）：
1. plink1.9 plink2.0 bcftools vcftools samtools minimac4
plink可以在Windows系統(tǒng)涩维、macOS系統(tǒng)及Linux系統(tǒng)安裝，1.9為穩(wěn)定版最新版袁波，2.0為開發(fā)版最新版（本文只介紹Linux下plink安裝瓦阐，Windows下直接把plink.exe文件放在C:\Users${用戶名}目錄下面，win+R篷牌，輸入cmd睡蟋，進(jìn)入黑框后輸入plink即可調(diào)用）
其余三個(gè)只能在Linux系統(tǒng)安裝
- 安裝前需要安裝zlib1g、zlib1g.dev兩個(gè)package枷颊，為之后的軟件安裝做準(zhǔn)備
sudo apt-get install zlib1g zlib1g.dev
- 軟件安裝
sudo apt-get install plink1.9
sudo apt-get install plink2
sudo apt-get install bcftools
sudo apt-get install vcftools
sudo apt-get install samtools
sudo apt-get install minimac4
2. eagle 2.4.1安裝
eagle官網(wǎng)已提供可以直接執(zhí)行的二進(jìn)制文件（下載鏈接：https://alkesgroup.broadinstitute.org/Eagle/index.html#x1-60002.3戳杀，下載后直接調(diào)用即可），但執(zhí)行需要提前安裝gcc package
sudo apt-get install gcc
3. gotcloud安裝（包含Samtools及vcfCooker等工具）
安裝包下載鏈接：https://github.com/statgen/gotcloud/releases
replacing the libStatGen in src/ with the latest version (https://github.com/statgen/libStatGen.git).（詳細(xì)見提供GitHub網(wǎng)頁(yè)的issues第一條）
提前安裝所需package：第三條語(yǔ)句是為Samtools安裝做準(zhǔn)備夭苗，第四條語(yǔ)句是為premo安裝做準(zhǔn)備信卡，第五條語(yǔ)句中l(wèi)ibssl-dev原本為libssl0.9.8，但是libssl0.9.8是老版本無法直接安裝
sudo apt-get install g++
sudo apt-get install zlib1g-dev
sudo apt-get install libncurses5 libncurses5-dev
sudo apt-get install cmake
sudo apt-get install java-common default-jre make libssl-dev
-安裝gotcloud（進(jìn)入U(xiǎn)buntu對(duì)應(yīng)的文件位置為root文件夾：C:\Users${用戶名}\AppData\Local\Packages\CanonicalGroupLimited.UbuntuonWindows_79rhkp1fndgsc\LocalState\rootfs\root题造，可以把下載文件放在root下面傍菇，然后用cd命令進(jìn)入下載文件）
cd gotcloud-master
cd src
make
4. 更新Ubuntu
sudo apt-get update
5. 一點(diǎn)碎碎念
看我現(xiàn)在整理出來的內(nèi)容，可能覺得過程很簡(jiǎn)單界赔。但我自己安裝的時(shí)候丢习，最開始不知道部分軟件在Ubuntu上有對(duì)應(yīng)的package，然后就直接去官網(wǎng)找對(duì)應(yīng)安裝包淮悼，按照安裝教程一步步裝泛领，有時(shí)候一上午都裝不好一個(gè)軟件。
為了節(jié)省大家的時(shí)間敛惊，我沒有把那部分安裝過程放出來，一方面很繁瑣绰更，另一方面安裝碰到的bug很多瞧挤，我當(dāng)時(shí)也找了很多教程
無數(shù)次的嘗試才寫成如今這簡(jiǎn)單的幾條命令，沒有設(shè)置閱讀門檻儡湾，也沒有保留啥特恬，只是希望能做有溫度的知識(shí)分享
最后，祝好~
6. 附贈(zèng)軟件官網(wǎng)鏈接
http://www.cog-genomics.org/plink/1.9/
https://samtools.github.io/bcftools/bcftools.html
http://vcftools.sourceforge.net/
http://www.htslib.org/
https://genome.sph.umich.edu/wiki/Minimac4
https://alkesgroup.broadinstitute.org/Eagle/
https://genome.sph.umich.edu/wiki/GotCloud#Install_GotCloud_Software
https://genome.sph.umich.edu/wiki/VcfCooker
