這篇可序著這篇接著看《有關(guān)hmmer3的安裝與環(huán)境配置（以及eggnog-mapper安裝）》煎楣，只是關(guān)于這個軟件由于數(shù)據(jù)庫下載問題又等了幾天，這篇文也遲了幾天车伞。
一择懂、使用wget下載所需要的的eggNOG數(shù)據(jù)庫
wget -c -b -i eggNOGdb_link.txt
eggNOGdb_link.txt里面放的是我所需要下載的10個url文件，約90G
-c?完成未完成的下載另玖，下載到一半需要停下來干別的事情困曙，用^c就可以停頓住谦去；回來后慷丽，繼續(xù)下載可以加一個-c參數(shù)。在容易斷網(wǎng)鳄哭、斷聯(lián)服務(wù)器以及突然斷電的情況下很保險要糊，但是據(jù)說不能和-m同用，具體額沒用到妆丘，在此不多說《注意：如果不加入-c锄俄，那么下載的文件會多出一個.1的后綴》
-b 后臺下載；下載經(jīng)過寫入到wget-log文件中勺拣。用tail -f wget-log（-f是實時查看）查看下載日志奶赠，ctrl+c退出查看。
-i 可以把多個下載鏈接寫入到一個.txt文件中药有，然后用-i 可下載车柠。
等待文件下載，然后經(jīng)過剛剛那個文章，以及查看下載的文章竹祷，額應(yīng)該需要把之前的未下載的那兩個文件重新下載。
二羊苟、使用eggnog-mapper進行分析以及遇到的問題
經(jīng)過一天多的下載塑陵，終于完成了官網(wǎng)數(shù)據(jù)庫的下載，但是蜡励，上帝好像跟額開了個玩笑令花，當我今天中午去用emmper.py執(zhí)行注釋文件的時候，報錯凉倚，報什么錯呢兼都，是的，是說指定的數(shù)據(jù)庫不存在稽寒！
python emapper.py -i ~/S115/115.pep --output 115_bact -d bact --usemem --cpu 8
參數(shù)的相關(guān)解釋可看這文：http://www.reibang.com/p/e646c0fa6443
但是我明明下載了數(shù)據(jù)庫扮碧，100多個G，在soft目錄下新建了文件夾杏糙，存放在里面慎王，而且為防止發(fā)生意外，以及根據(jù)幾篇博文的例子宏侍，大家都是先把數(shù)據(jù)庫放在安裝軟件的目錄下（我就把它mv到了含有直接可執(zhí)行py腳本的目錄下）赖淤，據(jù)說還可以使用軟鏈接，防止database太大谅河，軟件目錄小咱旱，但是但是沒有用到，所以我暫時沒有管绷耍。
三吐限、軟件下載解決（撒花）
我心想再嘗試一下用download腳本下載bact的數(shù)據(jù)庫吧，結(jié)果同前篇一樣報錯锨天。后來我想起之前有人說是那個腳本的問題毯盈，讓我自行下載數(shù)據(jù)庫。我想起之前搜到的信息病袄，有人也和我遇到一樣的問題-----無法讀取自行下載的數(shù)據(jù)庫搂赋，然后那篇博文里的大牛回益缠，可能是版本的問題脑奠，讓等著最新的版本就可以了。
（總結(jié)：1）自行下載的數(shù)據(jù)庫讀取不到-----可能要等到新版本出來才可幅慌；2）down腳本的下載不了的問題宋欺，py腳本的問題）
這就促使我想起了版本的問題，記得當時下載database的時候有看到過不同的，我非得下最新的齿诞，結(jié)果最新的download腳本偶問題酸休。然后記起自己曾看到過的一篇文章http://www.reibang.com/p/847855ca95aa，這里下載的是1.0.3的版本祷杈，之前那個軟件版本也沒有寫斑司，直接從github上下載的，也不顯示版本但汞。
再下載后宿刮，解壓查看readme，顯示1.0.3對應(yīng)的是 4.5數(shù)據(jù)庫私蕾，于是趕忙查看之前下載的版本僵缺，發(fā)現(xiàn)是5.0的。
cd ~/software
wget https://github.com/jhcepas/eggnog-mapper/archive/1.0.3.tar.gz
tar xvzf 1.0.3.tar.gz
cd eggnog-mapper-1.0.3
cd eggnog-mapper
額就抱著嘗試一下的態(tài)度輸入了讓額崩潰的dowm腳本踩叭，希望能下載到數(shù)據(jù)庫
./download_eggnog_data.py? bact?
結(jié)果磕潮，沒問題，成功不報錯了懊纳，現(xiàn)在正在等待數(shù)據(jù)庫下載的時間來寫這篇記錄揉抵，希望后面進行順利！嗤疯！
完結(jié)，撒花茂缚，祝自己接下來分析好運戏罢！
參考：
1、wget實用技巧https://www.cnblogs.com/Dennis-mi/articles/5481301.html
2脚囊、wget命令詳解(斷點續(xù)傳,批量下載)https://blog.csdn.net/doloveme/article/details/84605124
3龟糕、Linux：wget后臺下載/查看后臺任務(wù)進度（專講-b c f）https://blog.csdn.net/wanglc7/article/details/85136418
4、關(guān)于eggNOG數(shù)據(jù)庫的注釋(2016.12.22)http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102vpb2.html
