圓形年碘,總是給人一種包羅萬象的感覺。的確工腋,從視覺效果來說姨丈,圓形展示的信息肯定要比線型圖多得多。
1.circos簡(jiǎn)介擅腰。
官網(wǎng)在這:http://circos.ca/
幫助文檔鏈接:http://www.circos.ca/documentation/tutorials/
建議大家參考他給出的例子?http://circos.ca/software/download/tutorials/
2.circos的安裝蟋恬,
因?yàn)閏ircos是一個(gè)perl語言編寫的程序。所以要使用circos必先安裝perl惕鼓。
選擇windows筋现,下載,雙擊安裝在C盤下面箱歧;安裝好后矾飞,測(cè)試下,看是否正常安裝呀邢,cmd進(jìn)入命令行洒沦,鍵入Perl -v ,若有顯示信息。
則表明安裝正常价淌。
如果想安裝在服務(wù)器上的話申眼,直接 conda install -c bioconda circos瞒津。
如果在window上,
下載安裝最新的括尸。把此壓縮文件解壓巷蚪,放到我們想安裝的地方,我的是在 E:/d/Circos-0.69-6濒翻,里面所對(duì)應(yīng)的文件如下:
我這個(gè)文件夾是把circos-tutorials-0.67的文件也放進(jìn)去了屁柏。
3.配置perl模塊。
上面是所需的perl 模塊有送。以第一個(gè)為例子淌喻。
其他的也是這個(gè)思路,有些文件的第五步可能不是dmake雀摘,自己可以看看readme文檔裸删。
4.運(yùn)行circos提供的實(shí)例。
1阵赠、進(jìn)入example目錄:因?yàn)槲已b在E盤涯塔。這里要注意路徑。
2.調(diào)試第一個(gè)例子豌注;
perl?..\bin\circos -conf .\etc\circos.conf
后續(xù)沒有報(bào)錯(cuò)就是安裝正確伤塌。調(diào)試的第二個(gè)例子也是一樣。
3.實(shí)操(留給下一節(jié))