上傳數(shù)據(jù)到 SRA 是個體力活隙券，根據(jù) Submission Portal 的指引一步一步填寫相應(yīng)的信息椎镣，需要上傳的數(shù)據(jù)描述文件都要轉(zhuǎn)為 TSV 格式再上傳夭禽，測序數(shù)據(jù)先壓縮再上傳可以節(jié)省時間，不過只支持 gzip,bzip2 的壓縮格式坛掠，不支持 .zip 和 .rar 壓縮格式咪奖，可以使用 tar 進(jìn)行打包盗忱。順利的話傳完數(shù)據(jù)填完信息提交就可以了，出現(xiàn)問題直接 Google 關(guān)鍵字羊赵。
填寫項目信息表單的幾個關(guān)鍵點
上傳數(shù)據(jù)到 SRA 稍微麻煩點的就是填寫項目信息表單了售淡，先把數(shù)據(jù)通過 FTP 上傳到 SRA 服務(wù)器，然后填好項目信息表單，就成功了揖闸。
數(shù)據(jù)屬性信息格式
填寫 attributes file 時候揍堕，每一列都按照文件表頭的示例格式來，沒有示例格式的可以自己根據(jù)實際項目信息填寫汤纸。
表頭綠色代表必須填寫的項目（如果沒有信息用 'not collected'衩茸，'not applicable'，'missing' 其中一個代替 ）贮泞，藍(lán)色代表至少需要填寫一欄的項目（如果沒有信息用 'not collected'楞慈，'not applicable'，'missing' 其中一個代替 ）啃擦，黃色是可選項目（可以不填或者刪除）囊蓝。
填寫好之后，另存為 TSV 格式文本文件才能上傳令蛉，否則報錯：無法識別文件編碼聚霜。
文件名格式
填寫 SRA_metadata 的時候 sample_name 這一欄要與之前 attributes file 中天的 Biosample name （即上圖中綠色的 *sample_name）一致，不是 Biosample 的編號珠叔，如果事先申請了 Bioproject 就填寫蝎宇，如果沒有申請就空著。
特別注意文件名 filename祷安，filename2姥芥，filename3...這些欄目，文件名與需要上傳的文件完全相同（包括文件拓展名）汇鞭，例如上傳文件 S1_1.fastq.gz凉唐，S1_2.fastq.gz 就填寫文件名就是 filename:S1_1.fastq.gz,filename2:S1_2.fastq.gz。但是需要注意霍骄，如果是 tar 打包的文件則需要填寫打包之前的原始文件名（包括拓展名）台囱，例如 S1_1.fastq.gz，S1_2.fastq.gz 被打包在一個文件 S1.tar 里面腕巡，文件名依然要分開填寫 filename:S1_1.fastq.gz,filename2:S1_2.fastq.gz。
上傳數(shù)據(jù)屬性信息文件之前的格式檢查
有些不用的 column 例如下圖紅色框中的血筑，直接刪除绘沉，防止報錯。
使用 Filezilla 連接 NCBI 進(jìn)入個人目錄
使用 filezilla 上傳數(shù)據(jù)時豺总，使用 SRA 提供的賬號密碼鏈接服務(wù)器后车伞，狀態(tài)提示欄會報 550/:permission denied 錯誤。此時只需要在軟件的遠(yuǎn)程站點框中輸入指定的個人目錄 upload/xxxxx喻喳，然后 Enter 即可進(jìn)入個人目錄另玖。
進(jìn)入個人目錄后需要新建一個文件夾，來上傳數(shù)據(jù)。不能將數(shù)據(jù)直接上傳到個人目錄下面谦去。
Filezilla 上傳總是傳輸失敗解決辦法
在國內(nèi)上傳數(shù)據(jù)到 SRA 速度比較慢慷丽，網(wǎng)絡(luò)也不是很穩(wěn)定，可以通過如下設(shè)置減少傳輸失敗的情況：
- 設(shè)置-傳輸-對已存文件的操作-上傳：繼續(xù)文件傳輸
- 設(shè)置-連接-超時-超時秒數(shù)：60s（默認(rèn)的20s）
- 設(shè)置-連接-重連設(shè)置-最大重試次數(shù)：99次（調(diào)到最大）
- 設(shè)置-連接-重連設(shè)置-登錄重試延時：90s（調(diào)大一點鳄哭，防止網(wǎng)絡(luò)不穩(wěn)定時頻繁重連可能被服務(wù)器拉黑）
最后更新：2017.5.7
