GRO-seq (Global nuclear Run-On sequencing)服務(wù)
項(xiàng)目簡(jiǎn)介
GRO-seq (Global nuclear Run-On sequencing)是一種專(zhuān)門(mén)測(cè)量新生RNA的方法劫瞳。該方法通過(guò)對(duì)細(xì)胞進(jìn)行迅速冷凍拓哟，使細(xì)胞核內(nèi)正在轉(zhuǎn)錄的復(fù)合體處于凍結(jié)狀態(tài)往踢，然后提取細(xì)胞核，加入Run on緩沖液贵少，使其重新恢復(fù)RNA的轉(zhuǎn)錄。利用抗BrdU抗體提取帶BrU標(biāo)記的新生成RNA 堆缘，用于下一步高通量測(cè)序分析滔灶。
新生RNA的變化直接反映了轉(zhuǎn)錄調(diào)控的多種機(jī)理，通過(guò)GRO-seq技術(shù)吼肥，可以觀測(cè)到基因組水平正在進(jìn)行的轉(zhuǎn)錄录平，這是一種對(duì)所有參與RNA聚合酶位置麻车、數(shù)量和定向的高分辨率虛擬圖譜。
應(yīng)用范圍
1斗这、取代常規(guī)RNA-seq绪氛，精準(zhǔn)檢測(cè)實(shí)時(shí)轉(zhuǎn)錄狀態(tài)的基因表達(dá)
2、精確定位基因的轉(zhuǎn)錄位置和轉(zhuǎn)錄方向
3涝影、發(fā)現(xiàn)直接作用的靶標(biāo)基因
4枣察、發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本，包括非編碼RNA
5燃逻、鑒定eRNAs分子
送樣要求
1.具備條件的序目，可以把細(xì)胞核分離好液氮速凍并干冰運(yùn)輸。
- 不具備前期準(zhǔn)備條件的伯襟，需提供活細(xì)胞及配套培養(yǎng)基猿涨，常溫運(yùn)輸。如需進(jìn)行細(xì)胞前處理姆怪，請(qǐng)?zhí)峁┰敿?xì)說(shuō)明和相關(guān)材料叛赚，并收取相應(yīng)處理費(fèi)用。細(xì)胞培養(yǎng)及收集需根據(jù)細(xì)胞類(lèi)型不同而收取相應(yīng)費(fèi)用稽揭。
細(xì)胞數(shù)量
1x107個(gè)細(xì)胞每樣本
僅限物種
人俺附、大鼠、小鼠
測(cè)序模式
SE 50
測(cè)序數(shù)據(jù)量
20M
生物信息分析
- 數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計(jì)溪掀，對(duì)原始測(cè)序數(shù)據(jù)去接頭事镣、去低質(zhì)量 reads、去污染揪胃；
- 測(cè)序序列與參考基因組序列的比對(duì)璃哟，Reads在全轉(zhuǎn)錄組的分布；
- Reads在轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)（TSS）附近的meta分析喊递；
- 轉(zhuǎn)錄暫退嫔粒基因分析
- eRNA分析
- 差異基因分析
- 差異基因 GO 功能聚類(lèi)分析及KEGG生物通路富集分析
參考
用GRO-seq來(lái)測(cè)nascent RNA
RNAscope介紹
Core L J, Waterfall J J, Lis J T. Nascent RNA sequencing reveals widespread pausing and divergent initiation at human promoters[J]. Science, 2008, 322(5909): 1845-1848.
Danko C G, Hyland S L, Core L J, et al. Identification of active transcriptional regulatory elements from GRO-seq data[J]. Nature methods, 2015, 12(5): 433-438.
