腳本:get_annotated_regions_from_gb.py
作用:將gb文件(氨基酸序列)轉(zhuǎn)化為gene與intergene兩個(gè)fasta文件(堿基序列)。
特性:該腳本可以對(duì)包含多物種葉綠體的gb文件進(jìn)行提热欧ā(例如從ncbi批量下載得到的gb)荐捻,gb文件中的所有葉綠體都會(huì)被執(zhí)行相同的gene與intergene提取作業(yè)爆惧。
python get_annotated_regions_from_gb.py NC_047400.gb NC_047400.gb NC_047400.gb \
-o legume.cds -t CDS --mix
參考資料:
How to assemble a target organelle genome using my own reference?