tbss代碼實(shí)現(xiàn)

tbss鏈接地址

#! /bin/bash/

#1) move control and time1 group data into one dirtory

#ziyuan mulu
data_path="/home/mcbrain/sharefolder/data"

#con data  dir
con_data="/home/mcbrain/sharefolder/data/control/dti_1to210nii_final"
#time1 data dir
time1_data="/home/mcbrain/sharefolder/data/time1/dti_time1_nii"

#make new dir contain con and time1
mkdir ${data_path}/con_time1_dti

#move con and time data to con_time1_dti
#con
cp -r ${con_data}/subc* ${data_path}/con_time1_dti/
cp -r ${time1_data}/subt* ${data_path}/con_time1_dti/

##2)  tbss

input="${data_path}/con_time1_dti"
ls $input |while read line;do
echo ${line}
fslroi ${input}/${line}/Dwi/${line}.nii.gz ${input}/${line}/Dwi/${line}_b0 0 1
bet ${input}/${line}/Dwi/${line}_b0.nii.gz ${input}/${line}/Dwi/${line}_nodif_brain -m -f 0.2
eddy_correct ${input}/${line}/Dwi/${line}.nii ${input}/${line}/Dwi/${line}_data.nii 0
dtifit --data=${input}/${line}/Dwi/${line}_data.nii.gz --out=${input}/${line}/Dwi/${line}_data --mask=${input}/${line}/Dwi/${line}_nodif_brain_mask.nii.gz --bvecs=${input}/${line}/Dwi/${line}.bvec --bvals=${input}/${line}/Dwi/${line}.bval
fslmaths ${input}/${line}/Dwi/${line}_data_L2.nii.gz -add ${input}/${line}/Dwi/${line}_data_L3.nii.gz -div 2 ${input}/${line}/Dwi/${line}_RD.nii.gz
done

##3)move FA.nii into one directory
mkdir ${data_path}/tbss
input="${data_path}/con_time1_dti"
ls $input |while read line;do
cp -r ${input}/${line}/Dwi/${line}_data_FA.nii.gz ${data_path}/tbss
done

cd ${data_path}/tbss
tbss_1_preproc *.nii.gz
tbss_2_reg -T
tbss_3_postreg -S
tbss_4_prestats 0.2

#切換到stat目錄下
cd ../stats
#兩組用design_ttest2蜡饵，三組用fsl中的GlmGUI來(lái)設(shè)計(jì)，7和11分別表示組1正常赊锚，組2患者組
design_ttest2 design 7 11

#randomise分析命令：
randomise -i all_FA_skeletonised -o tbss -m mean_FA_skeleton_mask-d design.mat -t design.con -n 5000 --T2
#觀察結(jié)果：
fslview $FSLDIR/data/standard/MNI152_T1_1mm mean_FA_skeleton -l Green -b 0.2,0.8 tbss_tstat1 -l Red-Yellow -b 3,6 tbss_tstat2 -l Blue-Lightblue -b 3,6
fslview $FSLDIR/data/standard/MNI152_T1_1mm mean_FA_skeleton -l Green -b 0.2,0.7 tbss_tfce_corrp_tstat1 -l Red-Yellow -b 0.95,1

#對(duì)結(jié)果進(jìn)行填充及顯示：
tbss_fill tbss_tfce_corrp_tstat1 0.95 mean_FA tbss_fill1
fslview mean_FA -b 0,0.6 mean_FA_skeleton -l Green -b 0.2,0.7 tbss_fill1 -l Red-Yellow
最后編輯于 ：
?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請(qǐng)聯(lián)系作者
  • 人面猴
    序言：七十年代末遇绞，一起剝皮案震驚了整個(gè)濱河市桩皿，隨后出現(xiàn)的幾起案子香缺，更是在濱河造成了極大的恐慌坐漏，老刑警劉巖愉昆，帶你破解...
    沈念sama閱讀 206,126評(píng)論 6贊 481
  • 死咒
    序言：濱河連續(xù)發(fā)生了三起死亡事件睦裳，死亡現(xiàn)場(chǎng)離奇詭異，居然都是意外死亡撼唾，警方通過(guò)查閱死者的電腦和手機(jī)，發(fā)現(xiàn)死者居然都...
    沈念sama閱讀 88,254評(píng)論 2贊 382
  • 救了他兩次的神仙讓他今天三更去死
    文/潘曉璐 我一進(jìn)店門(mén)哥蔚，熙熙樓的掌柜王于貴愁眉苦臉地迎上來(lái)倒谷，“玉大人，你說(shuō)我怎么就攤上這事糙箍〔吵睿” “怎么了？”我有些...
    開(kāi)封第一講書(shū)人閱讀 152,445評(píng)論 0贊 341
  • 道士緝兇錄：失蹤的賣(mài)姜人
    文/不壞的土叔 我叫張陵深夯，是天一觀的道長(zhǎng)抖格。 經(jīng)常有香客問(wèn)我诺苹，道長(zhǎng)，這世上最難降的妖魔是什么雹拄？ 我笑而不...
    開(kāi)封第一講書(shū)人閱讀 55,185評(píng)論 1贊 278
  • ?港島之戀（遺憾婚禮）
    正文 為了忘掉前任收奔，我火速辦了婚禮，結(jié)果婚禮上滓玖，老公的妹妹穿的比我還像新娘坪哄。我一直安慰自己，他們只是感情好势篡，可當(dāng)我...
    茶點(diǎn)故事閱讀 64,178評(píng)論 5贊 371
  • 惡毒庶女頂嫁案：這布局不是一般人想出來(lái)的
    文/花漫 我一把揭開(kāi)白布翩肌。 她就那樣靜靜地躺著，像睡著了一般禁悠。 火紅的嫁衣襯著肌膚如雪念祭。 梳的紋絲不亂的頭發(fā)上，一...
    開(kāi)封第一講書(shū)人閱讀 48,970評(píng)論 1贊 284
  • 城市分裂傳說(shuō)
    那天碍侦，我揣著相機(jī)與錄音粱坤，去河邊找鬼。 笑死祝钢，一個(gè)胖子當(dāng)著我的面吹牛比规，可吹牛的內(nèi)容都是我干的。 我是一名探鬼主播拦英，決...
    沈念sama閱讀 38,276評(píng)論 3贊 399
  • 雙鴛鴦連環(huán)套：你想象不到人心有多黑
    文/蒼蘭香墨 我猛地睜開(kāi)眼蜒什，長(zhǎng)吁一口氣：“原來(lái)是場(chǎng)噩夢(mèng)啊……” “哼！你這毒婦竟也來(lái)了疤估？” 一聲冷哼從身側(cè)響起灾常，我...
    開(kāi)封第一講書(shū)人閱讀 36,927評(píng)論 0贊 259
  • 萬(wàn)榮殺人案實(shí)錄
    序言：老撾萬(wàn)榮一對(duì)情侶失蹤，失蹤者是張志新（化名）和其女友劉穎铃拇，沒(méi)想到半個(gè)月后钞瀑，有當(dāng)?shù)厝嗽跇?shù)林里發(fā)現(xiàn)了一具尸體，經(jīng)...
    沈念sama閱讀 43,400評(píng)論 1贊 300
  • ?護(hù)林員之死
    正文 獨(dú)居荒郊野嶺守林人離奇死亡慷荔，尸身上長(zhǎng)有42處帶血的膿包…… 初始之章·張勛 以下內(nèi)容為張勛視角 年9月15日...
    茶點(diǎn)故事閱讀 35,883評(píng)論 2贊 323
  • ?白月光啟示錄
    正文 我和宋清朗相戀三年雕什，在試婚紗的時(shí)候發(fā)現(xiàn)自己被綠了。 大學(xué)時(shí)的朋友給我發(fā)了我未婚夫和他白月光在一起吃飯的照片显晶。...
    茶點(diǎn)故事閱讀 37,997評(píng)論 1贊 333
  • 活死人
    序言：一個(gè)原本活蹦亂跳的男人離奇死亡贷岸，死狀恐怖，靈堂內(nèi)的尸體忽然破棺而出磷雇，到底是詐尸還是另有隱情偿警，我是刑警寧澤，帶...
    沈念sama閱讀 33,646評(píng)論 4贊 322
  • ?日本核電站爆炸內(nèi)幕
    正文 年R本政府宣布唯笙，位于F島的核電站螟蒸，受9級(jí)特大地震影響盒使，放射性物質(zhì)發(fā)生泄漏。R本人自食惡果不足惜七嫌，卻給世界環(huán)境...
    茶點(diǎn)故事閱讀 39,213評(píng)論 3贊 307
  • 男人毒藥：我在死后第九天來(lái)索命
    文/蒙蒙 一少办、第九天 我趴在偏房一處隱蔽的房頂上張望。 院中可真熱鬧抄瑟，春花似錦凡泣、人聲如沸。這莊子的主人今日做“春日...
    開(kāi)封第一講書(shū)人閱讀 30,204評(píng)論 0贊 19
  • 一樁弒父案鞋拟，背后竟有這般陰謀
    文/蒼蘭香墨 我抬頭看了看天上的太陽(yáng)。三九已至惹资，卻和暖如春贺纲，著一層夾襖步出監(jiān)牢的瞬間，已是汗流浹背褪测。 一陣腳步聲響...
    開(kāi)封第一講書(shū)人閱讀 31,423評(píng)論 1贊 260
  • 情欲美人皮
    我被黑心中介騙來(lái)泰國(guó)打工猴誊， 沒(méi)想到剛下飛機(jī)就差點(diǎn)兒被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留，地道東北人侮措。 一個(gè)月前我還...
    沈念sama閱讀 45,423評(píng)論 2贊 352
  • 代替公主和親
    正文 我出身青樓懈叹，卻偏偏與公主長(zhǎng)得像，于是被迫代替她去往敵國(guó)和親分扎。 傳聞我的和親對(duì)象是個(gè)殘疾皇子澄成，可洞房花燭夜當(dāng)晚...
    茶點(diǎn)故事閱讀 42,722評(píng)論 2贊 345

推薦閱讀更多精彩內(nèi)容