前言
PyMOL是一款由Python語(yǔ)言開發(fā)的開源的分子三維結(jié)構(gòu)顯示軟件卒密，被廣泛運(yùn)用于科學(xué)研究與教育領(lǐng)域蚓聘，現(xiàn)由Schrodinger公司提供技術(shù)支持祝峻∧嫡可從官網(wǎng)直接購(gòu)買PyMOL的可執(zhí)行版本，或者下載試用版本疼约。另外University of California Irvine對(duì)PyMOL源碼進(jìn)行了預(yù)編譯卤档，并免費(fèi)提供PyMOL的相關(guān)wheel文件。
- PyMOL官網(wǎng)https://pymol.org/2/
- PyMOL學(xué)習(xí)網(wǎng)站http://www.PyMOLwiki.org/index.php/Main_Page
本教程系統(tǒng)環(huán)境：Windows 10程剥，64位
本教程安裝環(huán)境：Python 3.7劝枣，64位，依據(jù)如下：
（版本Python 3.9织鲸，PyMOL 2.5.0的安裝方法同本版本舔腾，最新下載地址已附百度云盤分享，2020年11月）
Version 2.3.1 - Updated April 17th 2019 (Installation instructions)
For previous versions and Python 2.7 bundles, see here.
These bundles include Python 3.7
Download PyMOL
Python安裝
- 如系統(tǒng)已搭建好python環(huán)境搂擦，可跳過(guò)此步驟稳诚，直接進(jìn)入PyMOL安裝環(huán)節(jié)。
1 官網(wǎng)下載Python安裝包
- 網(wǎng)址：https://www.python.org/downloads/windows/瀑踢，選擇相應(yīng)版本安裝包下載即可扳还。
本文下載的版本為：Python 3.7.3，Windows x86-64 executable installer橱夭，如圖所示氨距。
2 安裝Python
-
雙擊python-3.7.3-amd64.exe文件，選擇“Install launcher for all users”和“Add Python 3.7 to PATH”兩個(gè)選擇框棘劣，并以Customize installation方式安裝俏让，隨后安裝選項(xiàng)均為默認(rèn)，直至出現(xiàn)安裝位置。本文選擇安裝位置為C盤首昔，點(diǎn)擊install便可安裝完成（一定記住Python安裝位置）寡喝。
3 Python安裝驗(yàn)證
-
Windows系統(tǒng)下，調(diào)用CMD命令勒奇，進(jìn)入命令行窗口拘荡，輸入python，如出現(xiàn)以下界面撬陵，即表明安裝成功珊皿。
PyMOL安裝
1 下載whl文件
- 進(jìn)入Unofficial Windows Binaries for Python Extension Packages網(wǎng)站。
- 下載相應(yīng)pymol的whl文件包及其以來(lái)安裝包巨税。
- numpy+mkl安裝包 numpy?1.15.4+mkl?cp37?cp37m?win_amd64.whl
- Pmw軟件包 Pmw?2.0.1?py3?none?any.whl
- pymol安裝包 pymol?2.3.0?cp37?cp37m?win_amd64.whl
- pymol_launcher安裝包 pymol_launcher?2.1?cp37?cp37m?win_amd64.whl
2 安裝PyMOL軟件
- 將下載好的文件放在硬盤根目錄下蟋定，本文將下載好的文件放在了C盤下的pymol文件夾中（C:\pymol），在cmd命令窗口或者powershell窗口下草添，運(yùn)行以下命令即可完成pymol的安裝驶兜。
C:\Users\yangh>cd C:\pymol
C:\pymol>pip install numpy-1.15.4+mkl-cp37-cp37m-win_amd64.whl # 安裝numpy+mkl
Processing c:\pymol\numpy-1.15.4+mkl-cp37-cp37m-win_amd64.whl
Installing collected packages: numpy
Successfully installed numpy-1.15.4+mkl
C:\pymol>pip install Pmw-2.0.1-py3-none-any.whl # 安裝Pmw
Processing c:\pymol\pmw-2.0.1-py3-none-any.whl
Installing collected packages: Pmw
Successfully installed Pmw-2.0.1
C:\pymol>pip install pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl # 安裝pymol-2.3.0
Processing c:\pymol\pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl
Requirement already satisfied: numpy in c:\python37\lib\site-packages (from pymol==2.3.0) (1.15.4+mkl)
Requirement already satisfied: Pmw in c:\python37\lib\site-packages (from pymol==2.3.0) (2.0.1)
Installing collected packages: pymol
Successfully installed pymol-2.3.0
C:\pymol>pip install pymol_launcher-2.1-cp37-cp37m-win_amd64.whl # 安裝pymol_launcher
Processing c:\pymol\pymol_launcher-2.1-cp37-cp37m-win_amd64.whl
Requirement already satisfied: pymol in c:\python37\lib\site-packages (from pymol-launcher==2.1) (2.3.0)
Requirement already satisfied: numpy in c:\python37\lib\site-packages (from pymol->pymol-launcher==2.1) (1.15.4+mkl)
Requirement already satisfied: Pmw in c:\python37\lib\site-packages (from pymol->pymol-launcher==2.1) (2.0.1)
Installing collected packages: pymol-launcher
Successfully installed pymol-launcher-2.1
C:\pymol>pip list # 查看已安裝軟件
Package Version
---------- ----------
numpy 1.15.4+mkl
pip 19.1.1
Pmw 2.0.1
pymol 2.3.0
setuptools 40.8.0
C:\pymol>pip show pymol #查看安裝后的pymol信息
Name: pymol
Version: 2.3.0
Summary: PyMOL is a Python-enhanced molecular graphics tool. It excels at 3D visualization of proteins, small molecules, density, surfaces, and trajectories. It also includes molecular editing, ray tracing, and movies. Open Source PyMOL is free to everyone!
Home-page: http://pymol.org
Author: Schrodinger
Author-email: UNKNOWN
License: UNKNOWN
Location: c:\python37\lib\site-packages
Requires: numpy, Pmw
Required-by:
- 安裝完成后，在Python的安裝目錄C:\Python37中有PyMOL執(zhí)行文件远寸，雙擊即可運(yùn)行抄淑。為方便使用，可以將PyMOL執(zhí)行文件發(fā)送到桌面快捷方式驰后。
除直接在Python環(huán)境中安裝之外肆资，還可在Anaconda（Python3.7）環(huán)境中安裝，或者直接官網(wǎng)下載Windows版灶芝，購(gòu)買LICENSE（有錢真好郑原，簡(jiǎn)單、粗暴又省時(shí)夜涕，可惜搞科研的大都是吃土人士）犯犁。
關(guān)于PyMOL的學(xué)習(xí)使用，以后如有時(shí)間再做系統(tǒng)整理分享女器。
以上軟件安裝包存放在百度云盤中酸役，如有需要，自行下載驾胆。
python-3.7.3版本+pymol-2.3.0版本
鏈接：https://pan.baidu.com/s/1HYfqdhD1HVRMV1wwObDfRw
提取碼：bqv2
python-3.9.1版本+pymol-2.5.0版本
鏈接：https://pan.baidu.com/s/1WLv1YHZrfQlHhGdD55uVOQ
提取碼：prau
參考
- PyMOL Windows Install https://pymolwiki.org/index.php/Windows_Install
- PyMOL Wiki http://www.PyMOLwiki.org/index.php/Main_Page
近期由Windows 7轉(zhuǎn)戰(zhàn)Window10涣澡，軟件安裝時(shí)做了部分記錄，作為簡(jiǎn)書的開篇一文俏拱，分享給大家暑塑，僅供參考。
