醫(yī)學(xué)圖像三維可視化工具入門篇(VolPack, VTK, VolView, MITK)
ITK沒(méi)有實(shí)現(xiàn)可視化的功能，在VTK中可以實(shí)現(xiàn)可視化逻翁，所以醫(yī)學(xué)影像系統(tǒng)中粗仓，在用ITK進(jìn)行分割的基礎(chǔ)上输涕，結(jié)合VTK對(duì)圖像進(jìn)行可視化處理。
從DICOM開始入門醫(yī)學(xué)圖像處理-1-開發(fā)工具
常用的開發(fā)工具有VTK,ITK,DCMTK這三個(gè)SDK:
VTK是一個(gè)三維可視化工具包,他有一些方法支持醫(yī)學(xué)影像處理,值得一提的是,VTK并不是一個(gè)專門為DICOM或者醫(yī)學(xué)影像而生的SDK,所以VTK對(duì)于DICOM的支持主要在顯示圖像和三維可視化方面,對(duì)于DICOM檔案中的其他信息,VTK并不能完全獲取和掌握,但是VTK有自己的優(yōu)勢(shì),由于它是專門用來(lái)做三維數(shù)據(jù)可視化的SDK,他對(duì)于Qt和MFC,Winform等可視化編程手段都提供了接口,并且提供了很多UI控件
ITK則是一個(gè)專門為醫(yī)學(xué)圖像處理而生的SDK,其中整合了很多醫(yī)學(xué)圖像處理常用的算法實(shí)現(xiàn),而且ITK提供了把內(nèi)部數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為VTK兼容的數(shù)據(jù)的接口
DCMTK是一個(gè)專門針對(duì)DICOM協(xié)議開發(fā)的SDK,他幾乎實(shí)現(xiàn)了所有的DICOM特性,DICOM檔案中存儲(chǔ)的所有信息幾乎都可以通過(guò)DCMTK讀取出來(lái),但是DCMTK對(duì)于可視化方面的支持很有限,而且在他得到官方網(wǎng)站上提供得到release版本中沒(méi)有64位的版本.
根據(jù)這些特點(diǎn),如果你要做一個(gè)和PACS和DICOM有關(guān)系的程序,我推薦的方案是這樣的:
VTK做為表現(xiàn)層,負(fù)責(zé)顯示圖片,利用ITK做影像處理,然后把處理好的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換發(fā)給VTK,而DICOM中的其他信息的讀取由DCMTK實(shí)現(xiàn),界面上最直接的選擇是使用Qt,當(dāng)然WPF和Winform也是可以的.
2016年07月21日 14:00:46
ITK-SNAP
VTK
ITK
vv
MITK
除了這幾個(gè)荐吵，我再推薦幾個(gè)。 如開源的3D Slicer, ParaView。它們的底層都是基于VTK的恶阴。商業(yè)化的如Mimics, Amira。MITK分為兩個(gè)版本豹障，德國(guó)的和中科院版的冯事，兩個(gè)都可以下載到源碼。此外血公，還有很多可以免費(fèi)下載的Dicom Viewer軟件也可以借鑒昵仅，如只支持IOS的Osirix，Windows有很多累魔，Philips Dicom Viewer, Sante, RadiAnt等等岩饼。
醫(yī)學(xué)圖像處理開源軟件
醫(yī)學(xué)圖像處理開源軟件包-英文版
2015年09月27日 05:29:42
通用:
VTK
VTK （the visualization toolkit）是一款免費(fèi)開源的用于三維計(jì)算機(jī)圖形學(xué)、圖像處理以及可視化的軟件包薛夜。包含了C++類庫(kù)并且提供對(duì)Tcl/Tk, Java 和Python等解釋性語(yǔ)言的支持.
ITK
ITK是一個(gè)開源籍茧、跨平臺(tái)的，提供了大量的圖像處理功能的軟件工具梯澜∧耄可用于多維圖像的分割與配準(zhǔn)。
FSL
FSL是一個(gè)用于分析fMRI晚伙，MRI和DTI大腦成像數(shù)據(jù)的綜合軟件庫(kù)吮龄。
SPM
SPM（statistical parametric mapping) 指的是建立和評(píng)估統(tǒng)計(jì)處理方法，用于對(duì)功能影像數(shù)據(jù)的假設(shè)檢驗(yàn)咆疗。SPM軟件包已用于分析大腦圖像序列漓帚。這些序列可以是來(lái)自不同群體的數(shù)據(jù)，或者是同一個(gè)個(gè)體的不同時(shí)間序列的數(shù)據(jù)午磁。目前可用于分析fMRI, PET, SPECT,EEG和MEG尝抖。
GIMIAS
GIMIAS是一個(gè)面向工作流的圖像處理環(huán)境毡们，用于解決高級(jí)圖像計(jì)算以及個(gè)體化的模擬問(wèn)題∶亮桑可通過(guò)添加解決特定問(wèn)題的插件而進(jìn)行擴(kuò)展衙熔。此外，GIMIAS提供開源框架搅荞，可有效開發(fā)研究和臨床軟件原型红氯，也可用于商業(yè)軟件開發(fā)。提供的功能包括手動(dòng)和自動(dòng)分割咕痛，可視化痢甘，網(wǎng)格編輯和電子機(jī)械及流體力學(xué)模擬等。
3D Slicer
3D Slicer是一個(gè)免費(fèi)茉贡、開源軟件包塞栅，用于可視化及圖像分析】槠停可在多個(gè)平臺(tái)上使用构蹬，包括Windows, Linux 和Mac Os X。
MIA
MIA是一個(gè)用C++寫的通用圖像處理工具悔据，主要針對(duì)2D和3D灰階醫(yī)學(xué)圖像分析庄敛。使用插件結(jié)構(gòu)，可以很容易添加新的功能科汗。使用測(cè)試驅(qū)動(dòng)（test-driven)開發(fā)藻烤，以保證實(shí)現(xiàn)的穩(wěn)定性，并且提供命令行工具头滔。
分割：
NiftySeg
NiftySeg實(shí)現(xiàn)了基于期望值最大化的對(duì)Nifti圖像的分割怖亭。另外也實(shí)現(xiàn)了許多標(biāo)記融合（label fusion）算法，如MV坤检，STAPLE兴猩，SBA等。
配準(zhǔn)：
NiftyReg
NiftyReg實(shí)現(xiàn)了對(duì)nifti圖像的剛體早歇、仿射和非線性配準(zhǔn)方法倾芝。支持GPU（使用CUDA）的實(shí)現(xiàn)。是一個(gè)基于命令行的工具包箭跳。
elastix
elastix是基于ITK的開源軟件晨另。包含了處理醫(yī)學(xué)圖像配準(zhǔn)的常用算法。elastix的模塊化設(shè)計(jì)允許用戶快速地針對(duì)一個(gè)特定的應(yīng)用配置谱姓、測(cè)試和比較不同的配置方法借尿。用命令行接口可以通過(guò)腳本自動(dòng)處理大量的數(shù)據(jù)。
ANTS
ANTS為研究者提供了高級(jí)的工具用于大腦圖像配準(zhǔn)映射。ANTS的許多配準(zhǔn)恐懼都是微分同胚的（diffeomorphic）,但也可以使用elastic 和 Bspline等形變變換路翻。 ANTS中的模塊包括多種相似度測(cè)量狈癞，標(biāo)記點(diǎn)引導(dǎo)，使用標(biāo)記圖像引導(dǎo)配準(zhǔn)映射帚桩，對(duì)微分同胚映射的貪心法及時(shí)空最優(yōu)化實(shí)現(xiàn)亿驾。
可視化
ITK-Snap
ITK-SNAP可用于對(duì)三維圖像的交互式分割方法嘹黔，其實(shí)現(xiàn)是基于活動(dòng)輪廓模型的账嚎，也支持手動(dòng)分割。提供了可視化功能儡蔓。
MITK
MITK（medical imaging interaction tookkit）是用于開發(fā)交互式圖像處理軟件的開源系統(tǒng)郭蕉。MITK結(jié)合了VTK和ITK，此外它結(jié)合了一些與開發(fā)交互式圖像處理相關(guān)的特性喂江，這些是ITK與VTK所未包含的召锈。
重建：
NiftyRec
NiftyRec提供了斷層圖像重建的代碼，基于c获询，也支持python, matlab接口涨岁。對(duì)于計(jì)算量大的函數(shù)，其提供了基于CUDA的GPU加速方法吉嚣。
模擬：
NiftySim
NifySim是一個(gè)高性能非線性有限元求解工具梢薪。一個(gè)重要特性是允許GPU計(jì)算。
彌散MRI:
Camino
Camino是一個(gè)面向?qū)ο蟮能浖ぞ甙⒍撸糜趶浬RI數(shù)據(jù)的分析和重建秉撇、纖維束重建等。
DTI-TK
DTI-TK是一個(gè)實(shí)現(xiàn)空間歸一化和建立圖譜（atlas）的工具秋泄，支持對(duì)DTI圖像的操作琐馆，特別注重?cái)?shù)據(jù)的張量屬性。實(shí)現(xiàn)了目前最先進(jìn)的配準(zhǔn)算法恒序，通過(guò)每個(gè)像素的纖維束方向匹配完成后對(duì)白質(zhì)纖維的對(duì)齊瘦麸。
我平時(shí)工作中主要用ITK和VTK，也用3D Slicer和MITK預(yù)覽一些醫(yī)學(xué)影像的處理算法歧胁，ParaView也是一款不錯(cuò)的三維可視化軟件滋饲，底層是基于VTK開發(fā)的。其他的那些開源軟件都沒(méi)有接觸過(guò)与帆。樓主都接觸過(guò)了嗎了赌？
