繪制器官的生物圖譜需要我們在空間上解析整個單細胞轉(zhuǎn)錄組,并將這些細胞特征與解剖位置聯(lián)系起來。單細胞和單核 RNA-seq (sc/snRNA-seq) 可以全面地分析細胞漫萄,但會丟失空間信息应结。空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)允許進行空間測量专缠,但分辨率較低且靈敏度有限。靶向原位技術(shù)解決了這兩個問題淑仆,但基因通量有限涝婉。為了克服這些限制,文獻提出了 Tangram蔗怠,一種將 sc/snRNA-seq 數(shù)據(jù)與從同一區(qū)域收集的各種形式的空間數(shù)據(jù)對齊的方法嘁圈,包括 MERFISH省骂、STARmap、smFISH最住、空間轉(zhuǎn)錄組學(xué) (Visium) 和組織學(xué)圖像钞澳。Tangram 可以映射任何類型的 sc/snRNA-seq 數(shù)據(jù),包括多組學(xué)數(shù)據(jù)涨缚,例如來自 SHARE-seq 的數(shù)據(jù)轧粟,用它來揭示染色質(zhì)可及性的空間模式。通過以視覺和軀體運動區(qū)域的單細胞分辨率重建健康小鼠腦組織全基因組解剖學(xué)整合空間圖脓魏。
【文獻速遞】-深度學(xué)習和空間分辨單細胞轉(zhuǎn)錄組與Tangram的對齊-Deep learning and alignment of spatially resolved single-cell t...
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