# name: pathway_bubble.r
# func：繪制富集pathway氣泡圖
getwd() ? ??#查看當(dāng)前目錄
setwd("D:/desktop") ? ??#修改目錄到D盤桌面
library(ggplot2) ? ??# 導(dǎo)入ggplot2包
# 讀取輸入數(shù)據(jù) "R0-vs-R3.isoforms.filter.tsv"
pathway = read.table("R0-vs-R3.path.qvalue.head20.tsv",header=T,sep="\t")
# 繪制氣泡圖
aes = aes(x=R0vsR3/All_Unigene,y=Pathway,size=R0vsR3,alpha=-log10(Qvalue))
ggplot(data=pathway,aes) + geom_point(color="red")
# 添加標(biāo)題
ggplot(data=pathway,aes) + geom_point(color="red") + labs(color=expression(-log[10](Qvalue)),size="Gene number",x="Rich factor",y="Pathway name",title="Top20 of pathway enrichment")
#圖形繪制完成后，直接使用Plots中的Export輸出pdf格式，設(shè)置長(zhǎng)寬大小
# 保存文件
#ggsave("R0-vs-R3.path.qvalue.head20.pdf")
