文獻(xiàn)：Two gene co-expression modules differentiate psychotics
and controls
網(wǎng)址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Two+gene+co-expression+modules+differentiate+psychotics+and+controls
首先茫死，樣本組成部分：
SMRI ： CB(小腦） PCX(頂葉皮層） 19,984 genes
50 S(精分） 39 45
50 BD（雙相）36 42
50 C（對(duì)照） 44 46
SMRI PFC 30S 25BD 29C 14,988 probe sets
VBBN PFC 30S 29C 14,988 probe sets
1谈跛、作者分析大腦頂葉皮層(PCX)基因在50 SCZ患者和50正常對(duì)照組間的表達(dá)。經(jīng)過前期一系列分析，包括RMA(背景校正, 分位數(shù)歸一化),移除非歐洲及離群樣本（Affymetrix Expression Console），ComBat去除批次效應(yīng)，最終保留45 SCZ患者和46個(gè)正常對(duì)照的19 884 基因。
2而涉、網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建分成兩步：第一步：首先利用對(duì)照樣本構(gòu)建基因網(wǎng)絡(luò)，再利用患者樣本構(gòu)建基因網(wǎng)絡(luò)联予，然后找出對(duì)照樣本的基因模塊啼县，并判斷其在患者基因網(wǎng)絡(luò)中的保守性 ；第二步：將病例對(duì)照的樣本合起來構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)并找出模塊
藍(lán)色的線表示Z=2,綠色的線為Z=10;
Z<2 無保守性
2<Z<10 輕-中度保守性
Z>10 強(qiáng)保守性
可以看出患者和對(duì)照間Z>10,故可以將兩者樣本合并到一起分析
3沸久、運(yùn)用WGCNA季眷，將兩組樣本合并到一起構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)，共發(fā)現(xiàn)24個(gè)基因模塊卷胯。采用 multiple linear regressions （多重線性回歸）對(duì)模塊特征值（eigengene）進(jìn)行 sex, pH and post-mortem interval校正子刮。然后把校正后的 residual module eigengenes再與疾病做關(guān)聯(lián)分析。最終發(fā)現(xiàn)兩個(gè)模塊窑睁，即M1A和M3A挺峡，經(jīng)過多次校正后與仍SCZ顯著相關(guān)。
查找hub基因卵慰，發(fā)現(xiàn)NOTCH2 和 MT1X分別為M1A及M3A的hub基因
4、在不同的數(shù)據(jù)集中進(jìn)行重復(fù)
包括3個(gè)數(shù)據(jù)集佛呻，分別為來自SMRI的PFC tissues 和CB tissues, 還有來自VBBN 的 PFC數(shù)據(jù)集裳朋。
5、M1A的基因特征：1）熱圖；2）網(wǎng)絡(luò)圖鲤嫡；3）前5個(gè)GO通路
