問題最初產(chǎn)生于conda安裝了java-jdk和fastqc后浩嫌,fastqc仍然無法使用前标,用java --version
確認(rèn)之后發(fā)現(xiàn)java的VM存在問題借笙。
于是手動(dòng)下載了JAVA20遍搞,將路徑加到了~/.bashrc
中:
export JAVA_HOME=/home/ying/tools/jdk-20.0.1/
export PATH="$JAVA_HOME/bin:$PATH"
source后可以使用了祥款,但是在生成html summary的時(shí)候清笨,出現(xiàn)了以下錯(cuò)誤:
經(jīng)搜索發(fā)現(xiàn)大概是font字體問題,但是因?yàn)椴皇莄onda路徑安裝的java刃跛,所以conda install contconfig
無效抠艾,沒有root權(quán)限所以也無法sudo apt安裝。
直到看到了一個(gè)這樣的回答:https://stackoverflow.com/questions/76356076/cannot-load-from-short-array-because-sun-awt-fontconfiguration-head-is-null-th
于是從https://www.java.com/en/download/manual.jsp下載了jdk8桨昙,在jre1.8.0_371/lib/ 路徑下找到了fontconfig.bcf和fonts/检号, 并把這些文件/文件夾復(fù)制到了JDK20(或者JDK17,都是一樣的問題)的lib文件夾下蛙酪。
再次運(yùn)行fastqc齐苛,可以運(yùn)行。