參考文章：
1.使用GREAT對(duì)peak進(jìn)行功能注釋
2.用網(wǎng)頁(yè)版工具GREAT來(lái)對(duì)CHIP-seq的peaks進(jìn)行下游功能分析
前幾天老板心血來(lái)潮，在視頻里教給我一個(gè)軟件的使用腐碱，這款軟件叫做GREAT誊垢。軟件的網(wǎng)頁(yè)版網(wǎng)址：http://great.stanford.edu/public/html/
GREAT是一款用來(lái)預(yù)測(cè)順式調(diào)控區(qū)域的軟件。
目前最新版的GREAT（4.0.4）只支持human和mouse基因組。如果你想分析其他物種彤枢，比如斑馬魚狰晚，你需要選擇3.0.0版來(lái)分析。
怎么選擇不同版本的GREAT呢缴啡？首頁(yè)左上角就可以：
1.這個(gè)軟件是做什么用的壁晒？
許多編碼基因都有它們各自的生物學(xué)功能注釋。然而非編碼區(qū)域通常缺失注釋业栅。GREAT通過(guò)分析附近基因的注釋秒咐，從而給一組非編碼基因區(qū)域分配生物學(xué)意義。因此碘裕，這個(gè)方法就有利于我們分析非編碼區(qū)域的順式功能携取。順式調(diào)控區(qū)域可以通過(guò)實(shí)驗(yàn)（比如CHIP-seq）和計(jì)算的方法來(lái)鑒定。
2.你需要上傳什么文件帮孔？
一般來(lái)說(shuō)雷滋，在你得到CHIP-seq或者ATAC-seq結(jié)果后，你可以得到不同分組的差異peaks文兢。那么拿到這些peaks以后晤斩，你需要把它們存成bed文件，像下面這樣：
3.如何分析兼呵？
打開(kāi)GREAT網(wǎng)頁(yè)版：
提交后兔辅，會(huì)彈出新的頁(yè)面：
另外，點(diǎn)開(kāi)頁(yè)面上方的Job Description那塊的“+”號(hào)：
會(huì)彈出新的頁(yè)面击喂，你會(huì)得到兩種表格：
選擇你想要下載的表维苔，老板說(shuō)一般下載右邊這個(gè)，點(diǎn)擊“Download table as text”就可以了茫负。表格里每一行的括號(hào)里面的數(shù)字就是這個(gè)peak距離相關(guān)基因TSS的距離蕉鸳。
看起來(lái)還是挺容易的。有的同學(xué)會(huì)問(wèn)忍法，這個(gè)軟件的目的是干嘛呢潮尝？拿到的這些基因列表又有什么意義呢？在老板視頻教我怎么使用這個(gè)軟件之后饿序，我也問(wèn)了同樣的問(wèn)題勉失。他說(shuō)：你的RNA-seq的數(shù)據(jù)告訴你哪些基因mRNA水平上調(diào)了，哪些下調(diào)了原探，但是你不知道這些上調(diào)或者下調(diào)的基因乱凿，它們?cè)谌旧w上的調(diào)控元件是不是真正的打開(kāi)或者關(guān)閉了顽素。有可能一個(gè)基因下調(diào)了，但是它的調(diào)控區(qū)域打開(kāi)了徒蟆，只是binding了一個(gè)抑制它轉(zhuǎn)錄的一個(gè)TF而已胁出。而有的基因下調(diào)了，是因?yàn)樗恼{(diào)控區(qū)域關(guān)閉了段审，使得促進(jìn)它轉(zhuǎn)錄的TF無(wú)法接近它全蝶，導(dǎo)致了它的下調(diào)。當(dāng)然這個(gè)軟件只能預(yù)測(cè)寺枉，真正是否某一個(gè)peak關(guān)聯(lián)一個(gè)基因抑淫，還需要實(shí)驗(yàn)去證明。
