分析步驟
Hi-C的優(yōu)勢在于其結合了二代測序鳞绕，這勢必也使得其數(shù)據(jù)分析相對復雜了栗恩。目前比較成熟的數(shù)據(jù)分析流程大致包含6個步驟：
（1）? ? ? 前期raw reads過濾（跟一般二代測序數(shù)據(jù)處理基本一致）
（2）? ? ? 序列比對敢伸。建議采用pair-end測序模式
（3）? ? ? 定位酶切位點。比對尋找到reads pairs在基因組物理位置之后室囊，通過插入片段大小的限制搜索reads pairs兩端每條read所對應的最近的酶切片段侦另。酶切片段的位置代表了DNA交互產生的大致位置
（4）? ? ? 篩選出有效的比對片段。配對的reads位于酶切位點兩端且mapped的方向相反
（5）? ? ? 整合DNA? 片段交互強度军俊。
（6）? ? ? DNA片段交互矩陣標準化侥加。
分析流程可如下圖所示：
作者：LeoinUSA
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