1.1 前言
設(shè)置自己的電腦environment, 對(duì)生信工作人員來(lái)講是十分重要的泰演。一個(gè)良好的EVN 設(shè)置可以讓工作事半功倍瘫怜。 這里我不在贅述如何使用Linux/Unix, 感興趣的同學(xué)可以自行學(xué)習(xí)常用的操作語(yǔ)句（CMD）帽揪。本講我主要介紹如何設(shè)置 .myProfile旺订， .bashrc （對(duì)于MacOS用戶疆前， 這里應(yīng)該是 .profile）和 .vimrc迄本。
1.2 自定義Bash
不同的人對(duì)于bash 的使用有不同的喜好认境， 例如一些人喜歡用別名去代替一些標(biāo)準(zhǔn)的 bash語(yǔ)句 (standard syntax)胚委， 這里我給大家介紹一些自定義 bash 的方法。
1.2.1 如何設(shè)置 .myProfile
在bash環(huán)境中大家可以自定義一些語(yǔ)句去取代已有的bash語(yǔ)句叉信， 通常大家可以在自己的$HOME里建立一個(gè).myProfile 文本去儲(chǔ)存一些常用的且不變的語(yǔ)句亩冬。
下面我給大家提供一個(gè)文本演示以方便理解
############# Andy's Profile ###########
##### alias
alias ll='ls -trhl'
alias la='ls -la'
alias lh='ls -lh'
alias h='history'
alias m='more'
alias rm='rm -i'
alias e='exit'
alias ..='cd ..'
alias dir='pwd'
alias cp='cp -i'
alias mycp='rsync -avh --progress'
alias mac2unix="perl -pi -e 's/\r/\n/g' "
alias clear='/usr/bin/clear'
alias readlink='readlink -f'
通過(guò)這個(gè)文本大家可以清晰地看到我 （Andy）的一些bash日常使用習(xí)慣。 這里大家可以根據(jù)自己的愛(ài)好自由去設(shè)置一些語(yǔ)句以提高自己的工作效率硼身。 具體的設(shè)置可以參考 alias customised syntax='the standard syntax'
除了一些簡(jiǎn)短的語(yǔ)句設(shè)置以外硅急， 大家也可以進(jìn)行一些其他的設(shè)置，例如工作地址（ws）佳遂， 數(shù)據(jù)地址（data）和工具地址（tools）营袜。下面看下例子：
alias ws="cd /full/path/to/your/workDir"
alias data="cd /full/path/to/your/dataDir"
alias tools="cd /full/path/to/your/toolsDir"
通過(guò)以上設(shè)置，大家可以很方便且較容易記憶一些自己喜歡的語(yǔ)法丑罪。
1.2.2 自定義遠(yuǎn)程超算登錄和密碼設(shè)置
對(duì)于生信工作者來(lái)說(shuō)荚板， 登錄超級(jí)電腦或者我們常說(shuō)的服務(wù)器（server）和 cluster 等等是在正常不過(guò)的事情了， 如何解決忘記賬號(hào)域名的尷尬巍糯，這里我給大家介紹一種簡(jiǎn)單的方案--就是在自己的.myProfile中設(shè)置 ‘function’ 功能啸驯， 例子如下：
function zeus() {
THIS_USER=$1; if [ $# -eq 0 ]; then THIS_USER='yyuan'; fi
ssh -X ${THIS_USER}@zeus.pawsey.org.au;
}
這里大家需要設(shè)置的是自己的賬號(hào)名（THIS_USER），超算地址/網(wǎng)址和自己方便記憶的超算名字祟峦。 至于密碼的設(shè)置大家可以用public key 去儲(chǔ)存自己的密碼罚斗。具體如下：
步驟1：在自己的本地電腦上建立公用和私用密碼（create public and private keys using your local computer)
ssh-keygen
步驟2：復(fù)制公用密碼到遠(yuǎn)程電腦 （Copy the public key to remote-host）
ssh-copy-id -i ~/.ssh/id_rsa.pub userid@MACHINENAME
步驟3： 登錄 （Login）
chmod 600 ~/.ssh/.id_rsa; ## local computer
chmod 600 ~/.ssh/authorized_keys ## remote-host
ssh userid@MACHINENAME
完成這些設(shè)置后，您可以直接登錄遠(yuǎn)程電腦而且不用輸入密碼了宅楞。
1.2.3 設(shè)置.bashrc
.bashrc, .profile 或者.bash_profile 在登錄Linux或者M(jìn)acOS時(shí)會(huì)自動(dòng)執(zhí)行针姿。 如果你的$HOME里沒(méi)有這個(gè)文檔可以自行設(shè)置一個(gè)袱吆。 在這個(gè)文檔中你需要引用上面的.myProfile。不然上面的設(shè)置就不會(huì)響應(yīng)距淫。具體如下：
source $HOME/.myProfile
在.bashrc里你也可以進(jìn)行PATH 或者library 的設(shè)置绞绒。具體看你需要什么樣的環(huán)境了。例子如下：
export LANGUAGE=en_US.UTF-8
export LC_ALL=en_US.UTF-8
export LANG=en_US.UTF-8
export LC_TYPE=en_US.UTF-8
export PATH=/the/full/path/you/want/to/add:$PATH
1.2.4 設(shè)置文本編輯器
在Linux/Unix 環(huán)境中榕暇，文本編輯是必不可少的蓬衡。 通常有以下幾種編輯工具：nano,emacs和vim。 這里我給大家介紹下如何設(shè)置.vimrc彤枢。
首先如果你的$HOME里沒(méi)有.vimrc你可以自行建立一個(gè)狰晚。 根據(jù)個(gè)人的需求你可以設(shè)置.vimrc 如下：
syntax on
set nu
set confirm
set tabstop=4
set hlsearch
set incsearch
set cursorline
hi CursorLine ctermbg=lightgrey ctermfg=red
hi CursorLine ctermbg=lightgrey ctermfg=red
版權(quán)所有者 Andy. Twitter: @Yuxuan_Yuan; Wechat: yyx8671；微信公眾號(hào)：生信人生
