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- clusterProfiler也能做細(xì)胞類型鑒定原朝？
單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中驻呐，細(xì)胞類型的識別是真正生物學(xué)意義開始的地方唠粥。前面我們已經(jīng)介紹了大量的細(xì)胞類型鑒定的方法蒜焊，每種方法都加深了我們對細(xì)胞類型的理解。我們知道細(xì)胞的分化主要是基因的差異表達(dá)才形成了大量的 細(xì)胞類型：
這也是為什么一直以來照棋，基于marker的方法無法超越的原因津畸。不管模型構(gòu)建的多么好，如果某類細(xì)胞的特征基因沒有高表達(dá)必怜，它就很難說是該細(xì)胞類型肉拓。所以細(xì)胞類型的鑒定，我們往往需要每一類細(xì)胞的特征基因集梳庆。雖然我們有了一個(gè)比較大的庫：cellmarker暖途。但也因?yàn)樗拇螅o我們帶來了許多的不便：marker不特異膏执。
之前我們講的clusterProfiler也能做細(xì)胞類型鑒定驻售？就用富集的方法把給定的基因集富集到cellmarker數(shù)據(jù)庫中，得到基因集可能的細(xì)胞類型更米。
在我們學(xué)習(xí)GSEA的時(shí)候欺栗，往往和clusterProfiler對比（二者并不是平行的關(guān)系），說GSEA可以自己定義基因集呢征峦。于是迟几，如果在GSEA中有一套可信的celltype及其對應(yīng)的genelist，我們也可以用GSEA的方法做細(xì)胞類型的鑒定呀栏笆。于是类腮，MSigDB已經(jīng)開發(fā)出一套初步的細(xì)胞識別標(biāo)記的基因集，這些標(biāo)記用于主要的正常人類組織的細(xì)胞類型蛉加。該基因集是通過對單細(xì)胞RNA實(shí)驗(yàn)中聚類marker整理而得到的蚜枢。這些基因集的目的是促進(jìn)細(xì)胞類型的鑒定。這個(gè)基因集的名字叫：SCSig collection: Signatures of Single Cell Identities
最初包含256個(gè)基因针饥，代表了來自胃腸道厂抽、胰腺、腎臟丁眼、肝臟筷凤、免疫系統(tǒng)、視網(wǎng)膜和大腦的細(xì)胞類型的初步集合户盯。
我們可以在GSEA的官網(wǎng)找到：
我下載了看了看：
以后我們在做GSEA的時(shí)候嵌施，就多了一個(gè)基因集的選擇饲化。突然想到莽鸭，單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中吗伤，要講故事也是一般也是先從找基因集開始。細(xì)胞類型是基因集硫眨；炎癥因子是基因集足淆；免疫細(xì)胞是基因集；配受體也還是基因集礁阁，如此等等巧号。
某個(gè)通路上下游調(diào)節(jié)也是基因集，落腳到通路上姥闭，開心了嗎丹鸿？
