如何使用服務(wù)器下載和處理文件/以及傳輸文件至本地文件夾

本文是個(gè)人筆記~（學(xué)校的網(wǎng)課）

如何使用服務(wù)器提交任務(wù)：下載SRR文件呢堰、以及提取fastq文件凤类、查看fastqc結(jié)果。

（一）如何在服務(wù)器上執(zhí)行任務(wù)

登錄服務(wù)器后吁峻，找到任務(wù)文件悍汛，修改里面的必要信息

#修改任務(wù)信息捞魁，實(shí)際上就是一個(gè)腳本
$ vim download_example.sh

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=download_example                     # Job name
#SBATCH --mail-type=END,FAIL                            # Mail events (NONE, BEGIN, END, FAIL, ALL)
#SBATCH --mail-user= **********（自己的郵箱）  # Where to send mail
#SBATCH --ntasks=1（一個(gè)cpu上幾個(gè)任務(wù)）                                      # Run on a single CPU
#SBATCH --mem=8gb  （需要的內(nèi)存）                                     # Job memory request
#SBATCH --time=01:00:00 （需要的時(shí)間）                               # Time limit hrs:min:sec
#SBATCH --output=*******（路徑，如果任務(wù)報(bào)錯(cuò)离咐，報(bào)錯(cuò)的信息存放的地方）     # Standard output and error log
#SBATCH -p cpu_short

## Load modules （注明你需要從服務(wù)器調(diào)用的軟件）
module load sratoolkit/2.9.1
module load fastqc

## Download data（要運(yùn)行的代碼：首先下載SRR文件谱俭，并提取fastq文件）
fastq-dump --split-files SRR1523671 --gzip -O /gpfs/home/(your ID)/download_0520/ --origfmt

## Run fastqc（要運(yùn)行的代碼：用fastqc進(jìn)行QC）
fastqc -o QC/ /gpfs/home/(your ID)/download/SRR1523671_1.fastq.gz /gpfs/home/(your ID)/download/SRR1523671_2.fastq.gz
~
Type  :quit<Enter>  to exit Vim                                                           20,1          All

修改后，執(zhí)行任務(wù)：

$ sbatch download_example.sh

查看自己的任務(wù)狀態(tài)：

$ squeue -u （your ID）
             JOBID PARTITION     NAME     USER ST       TIME  NODES NODELIST(REASON)
           7242048 cpu_short download  *****   PD（表示未開始）       0:00      1 (Priority)
$ squeue -u （your ID）
             JOBID PARTITION     NAME     USER ST       TIME  NODES NODELIST(REASON)
           7242048 cpu_short download  *****    R（表示正在運(yùn)行）       5:24      1 cn-0008

（二）如何將運(yùn)行后的文件傳到自己本地的文件夾里

兩種方式：

（1）代碼傳輸

win10系統(tǒng)為例健霹，在電腦左下角的搜索欄里輸入"cmd"旺上，調(diào)出命令行：

在命令行輸入：

> scp ID@bigpurple:/gpfs/home/ID/QC/SRR1523671_1_fastqc.html(要復(fù)制的文件的絕對路徑) C:\Users\YF\Desktop(本地文件夾路徑)

（2）用FileZilla軟件傳輸文件

網(wǎng)課的老師介紹了一款軟件，可以用來進(jìn)行傳輸文件（服務(wù)器與本地電腦之間）糖埋。
下載地址：https://filezilla-project.org/
安裝很簡單宣吱。

打開FileZilla:

左邊就是本地文件夾。點(diǎn)擊左上角“文件”>>>“站點(diǎn)管理器”瞳别，會(huì)彈出：

選擇“協(xié)議”征候，這里是SFTP（因?yàn)槭莝sh登錄服務(wù)器），再輸入用戶名和登錄密碼祟敛，點(diǎn)“連接”疤坝。連接成功就會(huì)顯示：

然后選擇你要傳輸?shù)奈募苯油系阶筮叺目蚩蚶铮?/p>

傳輸成功會(huì)顯示：

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