天子呼來不上船侥猩，
自稱臣是菜鳥團。
在這里，和國際同行一起學習單細胞數(shù)據(jù)分析。
Seurat V4 的教程頁面做了全面的改進，用pkgdown構(gòu)建了新的教程體系：
可以說是從其開發(fā)團隊獨立出來了蹬挺，但是他們依然十分熱心地在Github上耐心地回復著來自全球用戶的問題维贺，盡管很多問題都可以通過檢索得到答案。GitHub上的Issues列表已經(jīng)4k多了巴帮。還是建議大家在學習的時候溯泣，直接打開官網(wǎng)教程虐秋，不要copy不知道哪來的教程，一個是版本更新垃沦，一個是寫教程的人水平有限客给。新的教程更加詳細，也打開了單細胞新的應(yīng)用場景：
這些分析點交給公司做肢簿，不知道他們要收你幾何錢靶剑，關(guān)鍵還很慢。所以池充，代碼在這了桩引，何不學起來？卿言多務(wù)收夸，孰若孤坑匠？如何系統(tǒng)學習一個R包？你是如何知道這些功能的卧惜，為什么我下載安裝之后厘灼，很多已經(jīng)有的函數(shù)我卻不知道呢？不要以為開始一個R包的姿勢是這樣的：
install.packages('Seurat')
library(Seurat)
成年人的學習是從讀文檔開始的咽瓷。如何找到所有函數(shù)的文檔呢设凹？要知道在R里面想要問一個函數(shù)，首先要知道這個函數(shù)名忱详。其實CRAN系統(tǒng)已經(jīng)為我們準備好了一個R包的所有函數(shù)围来，所有參數(shù)的文檔說明。在Seurat的CRAN的界面上可以看到有這些信息：
其中：
- 1 用戶手冊匈睁。我們Seurat Weekly 之所以能夠?qū)懙朗诩嗤福褪且驗橹骼砣俗x過Seurat的每一個函數(shù)，每一個參數(shù)的介紹航唆，V4的手冊一共205頁胀蛮。我們可以用
pacman查看有多少個函數(shù)：
packageVersion('Seurat')
[1] ‘3.9.9.9005’
> library(pacman)
> length( p_functions("Seurat"))
[1] 274
當然并不是都是顯式的函數(shù)，200還是有的糯钙。
- 2 當前V4.0.0的源代碼粪狼。有Windows安裝用的文件和Linux的源碼。
- 3 macOS的文件任岸。其實每一個托管在CRAN上面的R包再榄，都會提供這個三個主流系統(tǒng)的源碼，保證跨平臺的R都可以安裝使用享潜。
- 4 舊版本的源碼困鸥。有時候我們想要安裝舊版本的，卻不知道在哪下載剑按，就這里了：
學習新的工具疾就，我們的建議是先用教程數(shù)據(jù)熟悉工具澜术，再來分析自己的數(shù)據(jù)。先練武再打仗猬腰，但是切記：模仿總有邊界鸟废，學習永無止境。不要被教程限制姑荷，學完了就應(yīng)該想著如何超越盒延。尼采說：人，生來是要被超越的厢拭。
https://cloud.r-project.org/web/packages/Seurat/index.html
https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Seurat/
