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蛋白質(zhì)配體復(fù)合物模擬md運(yùn)行過(guò)程中需要用到輸入文件md.mdp皂冰，現(xiàn)對(duì)里面的各種編輯項(xiàng)目做簡(jiǎn)單注釋。
md.mdp
title = Protein-ligand complex MD simulation
; Run parameters
integrator = md ; #指定積分算法养篓；md:蛙跳牛頓積分算法秃流，用于平衡動(dòng)力學(xué)積分
nsteps = 500000 ; #積分或能量最小化步數(shù)
dt = 0.002 ; #積分步長(zhǎng)
; Output control
nstxout = 0 ; #坐標(biāo)保存到軌跡文件的頻率
nstvout = 0 ; #速度保存到軌跡文件的頻率
nstenergy = 5000 ; #能量保存到軌跡文件的頻率，必須是nstcalcenergy的倍數(shù)
nstlog = 5000 ; # log文件更新頻率
nstxout-compressed = 5000 ; #
compressed-x-grps = System
energygrps = Protein JZ4 #保存能量的組
; Bond parameters
continuation = yes ; #初試構(gòu)象不約束觉至，不復(fù)位剔应，用于精確的繼續(xù)計(jì)算或重計(jì)算
constraint_algorithm = lincs ; #約束算法 lincs ：不能用于角度約束
constraints = all-bonds ; #鍵約束，all-bonds:所有鍵約束
lincs_iter = 1 ; #迭代次數(shù)语御，用于LINCS約束精度峻贮，默認(rèn)1
lincs_order = 4 ; #約束偶合矩陣階次，用于LINCS約束精度应闯，默認(rèn)4
; Neighborsearching
cutoff-scheme = Verlet
ns_type = grid ; #鄰近列表搜索方法
nstlist = 10 ; #鄰近列表更新頻率
rcoulomb = 1.4 ; #短程庫(kù)倫截?cái)?
rvdw = 1.4 ; #短程范德華力截?cái)?
; Electrostatics
coulombtype = PME ; #庫(kù)倫計(jì)算方式
pme_order = 4 ; #PME插值纤控，默認(rèn)4表示3次插值
fourierspacing = 0.16 ; #FFT傅里葉變換格點(diǎn)間距，默認(rèn)碉纺。船万。。骨田，與PME同時(shí)使用
; Temperature coupling
tcoupl = V-rescale ; #指定熱耦合方法
tc-grps = Protein_JZ4 Water_and_ions ; #熱偶合組
tau_t = 0.1 0.1 ; #熱偶合時(shí)間常數(shù)
ref_t = 300 300 ; #參考溫度--恒溫值耿导，個(gè)數(shù)對(duì)應(yīng)組
; Pressure coupling
pcoupl = Parrinello-Rahman ; #指定壓力耦合方式 ；Parrinello-Rahman：
pcoupltype = isotropic ; #isotropic:盒子各向同性
tau_p = 2.0 ; #壓力耦合時(shí)間常數(shù)
ref_p = 1.0 ; #參考?jí)毫?--恒壓值态贤，一般為1 bar
compressibility = 4.5e-5 ; #水可壓縮性舱呻，1 bar300K時(shí)為4.5e-5 bar-1
; Periodic boundary conditions
pbc = xyz ; #周期性邊界條件；xyz:使用周期性邊界條件
; Dispersion correction
DispCorr = EnerPres ; #色散校正
; Velocity generation
gen_vel = no ; #速度生成悠汽；no:不生成速度箱吕。輸入文件沒(méi)有速度，則為0柿冲；
