CRISPR-Cas9基因敲除sgRNA設計

大佬說,我只說一次,你自己要記住
以最火熱的p53為例

Step 1 先找p53基因序列

1. NCBI--輸入p53并選擇物種human:tumor protein p53 [Homo sapiens (human)]

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene

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2. Ctrl+F未檩,輸入sequence,快速定位(當然其實拉下去就是了)粟焊,點擊Genebank
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3. 下載p53基因序列
4. 用SnapGene軟件打開序列冤狡,并簡單了解每個元件

最好是可以學一下SnapGene這個軟件的使用方法(有視頻)孙蒙,個人認為,自行查資料理解每一個元件的含義和作用悲雳,可以幫助更快的補充背景知識挎峦。通過將散落的知識點集合起來,最后拼湊成自己的知識地圖合瓢。

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那么坦胶,為什么看起來好像這些mRNA都一樣,怎么不只放一條完事了晴楔?不是滴顿苇。。税弃。還有不一樣的mRNA纪岁。

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在學生信的時候,聽到過一個詞则果,“可變剪接”幔翰,有了初步印象之后,在這里才算是實實在在看到了西壮,我認真的數(shù)了數(shù)遗增,mRNA畫了15條,TP53蛋白也畫了15條款青。那么我們可以理解為贡定,TP53有15個亞型,當然可都,每個亞型都有自己的mRNA缓待。

Step 2 分析敲除位點(找到合適的敲除位置)

怎么樣才能通過盡量少的sgNRA數(shù)量,去敲除盡量多的TP53蛋白渠牲。既然是做knockout旋炒,那一定是要所有的亞型都不能表達。那么既然如此签杈,就是要敲除掉這些亞型共有的區(qū)域瘫镇,而且越前面越好(如果只敲除尾巴,TP53合成了半個身子答姥,半個身子的TP53說不定也能起作用)铣除,另外,也不能敲除掉內(nèi)含子(說是鹦付,如果敲掉了尚粘,可能會形成進的剪接,就有新的蛋白出現(xiàn))----知識點好伐~

1. 發(fā)現(xiàn)所有亞型共有區(qū)域
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2. 查看詳細信息敲长,得知第一個segment(片段)是從12417-12498郎嫁,一共82 bp
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3. 在Sequence中查看秉继,復制一整個segment的堿基序列如下
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segment堿基序列atggccatctacaagcagtcacagcacatgacggaggttgtgaggcgctgcccccaccatgagcgctgctcagatagcgatg

Step 3 設計sgRNA

首先,先附上鼎鼎大名的張峰實驗室提供的網(wǎng)頁 https://zlab.bio/guide-design-resources

1. 打開網(wǎng)頁泽铛,選擇網(wǎng)頁工具--博德研究所
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2. 粘貼序列尚辑,一步到位
3. 查看結果
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我沒有寫結果怎么查看,或者分析結果耶盔腔,因為杠茬。。弛随。因為做到這里澈蝙,真正想學的人,感興趣的人早就去看了撵幽。

4. 選擇目的序列

略略略灯荧,哈哈哈哈哈~~

感謝師兄DZ

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