目的:
使用rdkit軟件計(jì)算分子的類藥‘五’原則
需求:
conda瞒御,python35,rdkit等
注:建議使用python35神郊,python2版本似乎安裝的rdkit的包不全面
步驟:
1:conda安裝python35
安裝python35環(huán)境:
conda create -n python35 python=3.5
#此步為創(chuàng)建python35的環(huán)境
2:激活python35
conda activate python35
3:安裝rdkit
conda install rdkit
#此步為在python35的環(huán)境中安裝rdkit
4:啟動(dòng)ipython
ipython
ipython
5:導(dǎo)入rdkit的chem肴裙,qed等包,備用
import rdkit
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import QED
6:讀取分子文件
x='your file path'
#輸入你的文件的絕對(duì)路徑涌乳,這次的文件是smiles格式蜻懦。
suppl=Chem.SmilesMolSupplier(x)
#讀取文件
7:計(jì)算類五
for mol in suppl:
print(Chem.QED.properties(mol))
8:結(jié)果
結(jié)果