參考：https://www.omicsclass.com/question/705
- 首次用hmmsearch對我的蛋白質(zhì)進(jìn)行結(jié)構(gòu)域搜索诈皿，最終只得到30個結(jié)構(gòu)域。
hmmsearch --cut_tc --domtblout output.txt TPC.hmm protein.faa
- 拿這30個結(jié)構(gòu)域多序列比對饮笛，獲得ALN格式文件
這里我使用的是clustalw在線工具clustalw - hmmbuild自建hmm文件
hmmbuild new2.hmm domain.aln
- 用新獲得的自建hmm文件new2.hmm再次搜索
注意此時需要去掉參數(shù)--cut_tc，否則會獲得報(bào)錯：Error: TC bit thresholds unavailable on model domain
hmmsearch --domtblout output2.txt new2.hmm protein.faa
- 結(jié)果：用結(jié)果自建的hmm文件搜索可獲得更多的結(jié)構(gòu)域论熙！
- 還沒搞清楚--cut_tc是什么意思
這里附上官方教程的解釋
以及官網(wǎng)教程的傳送門pdf
