配置xshell選項(xiàng)
image.png
最基礎(chǔ)查看運(yùn)行命令
ps -ef
jobs -l
top
keynote
Linux酷炫的顏色
PS1="\[\e[31;1m\]\u cd \[\e[34;1m\]\h \[\e[36;1m\]\w \[\e[33;1m\]\t $ \[\e[37;1m\]\n"
PS1='\[\e[1;35m\][\[\e[1;33m\]\u@\h \[\e[1;31m\]\w\[\e[1;35m\]]\[\e[1;36m\]\$ \[\e[0m\]'
####永久配置酷炫顏色
cat >> .bashrc
PS1="\[\e[31;1m\]\u cd \[\e[34;1m\]\h \[\e[36;1m\]\w \[\e[33;1m\]\t $ \[\e[37;1m\]\n"
source .bashrc
永久配置酷炫顏色.png
將文件從一個(gè)服務(wù)器拷貝到另一個(gè)服務(wù)器
scp /public/reference/genome/hg38/hg38.fa chenyuqiao@129.28.108.226:~/
文件查找功能
find ./ -name "*zip"
-SN 顯示行號畏吓，整行顯示，簡潔顯示
less -SN .profile
Vim文本編輯和保存
w ###保存后才能退出
Cat操作小文本 重定向
cat > new.txt
hellow
^C
cat >> new.txt #####追加
必須先sort 再unique -c去重
sort|uniq -c
cut 自定義切割保留
cut默認(rèn)是\t分隔卫漫， awk默認(rèn)是空格+分隔
cut -d ' ' -f 1-2,9
zless 查看gtf.gz文件 如果要進(jìn)行全局操作可以用zcat
zless -S /public/reference/gtf/Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf.gz |cut -f 9|grep -v '#'|cut -d ' ' -f 1-2|sort|uniq -c |less -S
zless -S /public/reference/gtf/Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf.gz |grep -v '#'|cut -f 9|grep 'transcript_id'|awk 'BEGIN{print "ens_id\ttr_is"}{print $2"\t"$4}'|sed 's/;//g'|sed 's/"http://g' |less -S
zless -S /public/reference/gtf/Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf.gz |cut -f 9
zless -S /public/reference/gtf/Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf.gz |cut -f 1-3,9|less -S
zless -S /public/reference/gtf/Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf.gz |cut -f 9|grep -v '#'|less -S
tr 替換
echo $PATH |tr ':' '\n'|less -S
grep -E： -E, --extended-regexp PATTERN is an extended regular expression (ERE)
-E 的作用和\是一樣的
nl /etc/passwd |grep 'root\|qmcui'
nl /etc/passwd |grep -E 'root|qmcui'
通配符
^開頭
&結(jié)尾
\n換行分隔
\t Tab分隔
cut 類比 awk
cut -d ":" -f 1
cat /etc/passwd |awk -F ':' '{print $1"\t"$7}'
paste：注意- -之間是有空格的
zcat sample1.fa.gz | paste - - - - |less -S
替換
echo $PATH | tr -s ":" "\n" |less -S
alias可以自定義命令： .bashrc內(nèi)查看
alias可以自定義命令
文件權(quán)限r(nóng)ead write X執(zhí)行
文件權(quán)限
read write
